诊断一般通过临床症状、流行特点就可初步确诊。若要确诊还要进行血清学鉴定。注意该病与牛的传染性水疱性口炎区别。
鉴别诊断本病与水泡性口炎的症状相似，不易区分，故应鉴别。其方法是采集典型发病的水泡皮，研细，以pH为7.6的磷酸盐缓冲液(PBS)制成1∶10的悬液，离心沉淀，取上清液接种牛、猪、羊、马、鼠，如果仅马不发病，其它动物都发病，即是口蹄疫。
实验室诊断取牛舌部、乳房或蹄部的新鲜水泡皮5～10g，装入灭菌瓶内，加50%甘油生理盐水，低温保存，送有关单位鉴定。
预防鉴于口蹄疫具有多种动物宿主、高度接触性传染性、病毒抗原的多种性和变异性，以及感染后或接种疫苗后免疫期短等特点，因此，在实际工作中使口蹄疫的控制变得相当困难。为了控制本病的流行，目前采取的方法：
未发病场的预防措施严格执行防疫消毒制度全场应成立口蹄疫防治小组，负责疫病的防治工作；提高对本病危害性认识，自觉地遵守防疫消毒制度；场门口要有消毒间、消毒池，进出牛场必须消毒；严禁非本场的车辆入内。猪肉及病畜产品严禁带进牛场食用；每月定期对畜舍、牛栏、运动场用2％苛性钠或其他消毒药进行消毒，消毒要严、要彻底。
坚持进行疫苗接种定期对所有牛只进行系统的疫苗注射，使牛具有较好的保护力。目前，疫苗种类很多，现列举于下：
兔化弱毒疫苗舌面接种，常引起注射部位发生水泡。对犊牛有残毒，可引起死亡。牛免疫期6个月以上。
鼠化弱毒疫苗注射后14d产生免疫力，免疫期4～6个月，新注射区的牛，疫苗注射后，可能有10％的牛蹄部和20％-30％的牛口腔出现水泡和烂斑。此外，还有鸡胚化弱毒苗、组织培养弱毒苗和灭活苗。
遗传工程已应用于口蹄疫疫苗的研究之中，它不用口蹄疫病毒作原料，而纳入疫苗中的是一种特殊病毒蛋白。这种特异蛋白来自经遗传工程控制和处理的大肠埃希氏菌培养物，这种蛋白只能刺激接种动物产生口蹄疫抗体，而不致由此造成感染。
我国兰州生产并已使用的口蹄灭活疫苗，其型和免疫程序：
疫苗牛羊O型口蹄疫灭活疫苗(单价苗)，牛羊O-A型口蹄疫双价灭活疫苗(双价苗)。
规模化奶牛场免疫程序①种公牛后备牛：每年注苗2次，每隔6个月注苗一次。单价苗肌肉注射3mL／头，双价苗肌肉注射4mL／头。
②生产母牛：分娩前3个月肌肉注射单价苗3mL／头或双价苗4mL／头。
③犊牛：出生后4～5个月首免，肌肉注射单价苗2mL／头或双价苗2mL／头。首免后6个月二免(方法、剂量同首免)，以后每间隔6个月接种一次，肌肉注射单价苗3mL／头或双价苗4mL／头。