1.清除敌害。泥鳅的主要敌害有蛙类、水生昆虫、鸟类及凶猛的肉食性鱼类。防治方法：①清除池边杂草，保持养殖环境卫生，严防蛙类侵入，发现蛙类应及时捕捉，蛙卵要及时打捞干净。②进水口要用铁筛网围拦好，防止野杂鱼随流水进入池中。③不让鸟类接近鳅池，发现鸟类接近鳅池应予驱赶。
2.水霉病。水温较低或冬季鳅体受伤，开春时节容易感染水霉病。水霉病的症状为病鳅身上长满白色棉絮状的水霉。防治方法：发现此病，用2%～3%食盐水浸洗病鳅5～10分钟，或用浓度为1毫克/升的孔雀石绿溶液浸洗病鳅体15～30分钟，即可治愈。
3.寄生虫病。泥鳅种苗阶段常见有车轮虫、三代虫等寄生虫，被寄生虫侵袭的鳅苗，常常浮于水面，急促不安，或在水面打转。防治方法：发现病鳅时，可按1立方米水体用0.5克硫酸铜和0.2克硫酸亚铁制成的合剂进行全池泼洒；或用0.5%的晶体敌百虫（1立方米水中放0.5克）全池泼洒。
4.气泡病。鲜苗阶段，由于水中氧气或其他气体含量过多，容易导致气泡病。症状为病鳅肠内充气腹部鼓起，浮于水面。防治方法：发病鱼池可用浓度为1克/升食盐水全池泼洒，或加入新鲜水体。平时投饵注意适量和多样化，并加强水质管理，可预防此病的发生。
5.泥鳅曲骨病。病鳅背骨弯曲，多因孵化时水温异常及缺乏维生素所致。防治方法：孵化时保持适温，防止水温急剧变化，投喂混合饲料促生长，使病变逐步好转。
6.赤皮病。由于捕捞、运输过程中碰伤鳅体，或因水质恶化而引起细菌侵入，诱发此病。症状为：病鳅的鳍、腹部皮肤及肛门周围充血溃烂，尾鳍、胸鳍发白溃烂尤为明显，对泥鳅危害较为严重。防治方法：发现此病可按1立方米水体溶解20克呋喃奈斯水溶液，浸洗病鳅15～20分钟；也可用占在池鳅鱼体重0.04%的呋喃奈斯，拌入饵料中连续投喂3天，疗效比较显著。