鸡呼吸道疾病综合征是由多种病因引起的，包括病毒、细菌、支原体、免疫抑制性疾病、不利环境因素等其中两种或两种以上病因引起的并发感染疾病。没有其他复杂因素的单一病原体感染在自然条件下可以说是绝无仅有的。有三种呼吸道病原体可以说是我国大多数鸡群呼吸道疾病的罪魁祸首，不是有没有的问题，只是发病程度上的差异。
目前我国商品鸡群的呼吸道疾病发生的原因很多很复杂，以下具体分析引起呼吸系统疾病发生的常见原因：
1 免疫抑制病原体的作用
家禽的免疫抑制性病原体有很多种，除了大家熟知的：马立克氏病毒（MDV）、传染性法氏囊病病毒（IBDV）、鸡传染性贫血病毒（CAV）、禽白血病病毒（ALV）、网状内皮组织增生症病毒（REV）、呼肠弧病毒（AeoV）外，新城疫病毒（NDV）、A型流感病毒（AIＶ）和传染性喉气管炎疱疹病毒（ILTV）也是免疫抑制性的呼吸道病原体。免疫抑制性疾病具有以下特征：与健康禽群相比，死亡率高，生长不均，体重低，蛋料比（肉料比）高；产生典型、持久、复杂的疫苗反应，且抗体水平达不到正常水平；顽固而持久的呼吸道症状，反复生病，难以治愈；免疫器官（主要是法氏囊、胸腺）萎缩。当发生呼吸道疾病的鸡群同时又存在某些免疫抑制性病原体时，则呼吸道疾病往往非常严重，且无法控制。
2 不利的环境因素
2.1 管理因素
由于鸡只饲养密度大，通风不良，加重了舍内空气污染。如清粪不及时就会造成棚舍CO2、CO、NH3、H2S等有害气体浓度过高，尤其是NH3对呼吸道气管黏膜上皮的损伤，使粘膜充血水肿，破坏了抵御细菌侵袭的第一道屏障，使呼吸道黏膜上的纤毛不能扑获排除细菌，使病毒细菌易于入侵。所以，在确保舍温的前提下，要做到通风良好，把有害气体、含病原微生物的气体排出舍外，补充含氧量高的气体。也可通过在饲料中加入益生素减少有害气体产生；定期消毒，中和有害气体，改善鸡舍环境。
空气中的湿度也是致病的一个重要因素。对鸡来说适宜的相对湿度为60%～70%，湿度过低，皮肤易干燥开裂，粉尘飞扬，如湿度低于40%，则易发生呼吸道病；舍内湿度过高，细菌大量滋生，机体抵抗力降低，不仅影响生长速度还会引发呼吸道病。
2.2 气候因素
季节交替之时，早晚温差大，气温的骤变，冷空气的突袭等都是呼吸道病的诱因。所以，要根据气候的变化适时加入维生素、电解质等中药，以增强抗病能力，预防感冒，减小气候应激。
3 各种疾病引起的呼吸道病
包括病毒病、细菌病、寄生虫病、真菌病等，这仍是目前引起呼吸系统疾病的主要原因。
4 其他因素
4.1 疫苗接种反应
所有的呼吸道病毒疫苗都在鸡体内复制，引起某种程度的细胞损伤，这种病毒复制的临床表现和导致的病理变化称为“疫苗接种反应”。若环境不良或天气突变，机体抵抗力弱，则会出现严重的疫苗接种反应。在商品鸡群中最常见的呼吸道病就是接种新城疫、传支、传喉活苗后，这些呼吸道活疫苗病毒与大肠杆菌相互作用造成的。所以在接种疫苗前后要加入抗应激药物，如电解质或维他之类，另外在免疫接种时还要注意选择合适疫苗、接种途径、天气环境，尤其注意“病毒回传”等问题，以减少疫苗接种反应。
4.2 营养因素
营养物质不全，会影响身体健康，特别是维生素A缺乏，使气管和支气管上皮细胞停止生长，角质化以至损伤，黏液分泌物减少，防御病毒和细菌侵袭功能丧失，易造成呼吸道疾病的发生。还有缺锌、硒、维生素C等可造成免疫力低下而发生呼吸道疾病。
4.3 中毒性因素
如一氧化炭中毒、氨气中毒等。
