洪灾前后气温变化大，畜禽机体抵抗能力减弱，疫病易发。这期间搞好畜禽疫病防疫，对畜禽的健康生长有很大作用。但疫苗使用不当，畜禽也会发病。
注射方法不当 有的防疫人员在注射器上安上短头针，固定好后注射定量疫苗就走。这种做法易引起免疫失败。一是畜禽难保定；二是针头短，针孔大，注射小牲畜（雏禽）还可以，注射大牲畜扎不到肌肉或皮里，进入畜禽体内的疫苗含量达不到要求，不能发挥免疫作用。
没按规定稀释使用 有些人在注射疫苗时，不按比例配制，稀释时不注意稀释液的酸碱度。如猪瘟疫苗对碱性敏感，用碱性大的稀释液稀释猪瘟疫苗会影响疫苗活力。稀释后的疫苗要求在气温15℃时当天用完；15～20℃时6小时内用完；25℃以上时4小时内用完。超过上述时间，就有失效可能。
消毒液浓度过大 一般消毒用75%的酒精或2%～3%的碘酊。如用较大浓度（如5%）的碘酊消毒皮肤和针头，则会影响疫苗免疫效果。
未按免疫程序注射 按目前猪瘟免疫程序要求，非疫区的仔猪在60日龄注射，疫区的仔猪在30日龄时注射第一次疫苗，60日龄注射第2次，可获得较好免疫效果。但目前有些地方做不到这一点，只注射一次。
病畜（禽）、临产牲畜不应注射疫苗病畜（禽）注射疫苗后，不但不能产生好的免疫效果，可能还会加重病情。
疫苗质量不佳 疫苗出厂后，经长途运输、装卸和震荡，少数疫苗被震坏，加之贮存时间长，出入库次数多，致使疫苗失效。所以，疫苗使用前，应仔细检查疫苗出厂日期、批号。
