火鸡鼻炎的大体病变局限于上呼吸道，并随感染时间的长短而有所不同。发病过程中，鼻腔和气管的分泌物开始为浆液性，后变为粘液性。气管大面积软化，软骨环变形、背腹部萎陷、有粘液性纤维蛋白分泌物。气管环壁变厚、管腔变小，粘液分泌物积累常导致禽只窒息而死。病理组织学的明显特征是纤毛结合性的细菌菌落、纤毛上皮的进行性丧失以及杯状细胞不分泌粘液。该菌能特异性地粘着纤毛，而不粘着于其他类型的细胞。肺部病变局限于初级支气管和支气管相关淋巴组织。
剖检16～18日龄死胚，尿囊液粘稠，呈褐色，胚体表面有出血点、皮下呈胶胨状，腹部变黑，肝呈土黄色，有出血斑，肺呈紫黑色，肠壁变薄。剖检3～5日龄死雏，可见皮下呈淡黄、黄绿色或土灰色胶胨物，鼻腔及气管有粘液，气管轻微出血，肺边缘出血坏死，肝呈淡黄色，有出血点或斑，肾肿大，小脑有斑点状出血。
眼炎型病例可见眼睛肿胀，内有干酪样物或液体分泌物。有时也可见到口腔、喉头、气管有大量粘液，气管出血，肺有出血斑，边缘局部坏死。肝呈红、黄斑驳状，有的局部有出血点或斑，脾点状出血。
