引发疾病可导致畜禽急性或慢性中毒，主要对肝脏、肾脏造成损害并致肠道出血、腹水、消化机能障碍、神经症状和皮肤病变，但在临床上除非大量毒素的急性中毒引起死亡外，以及表现繁殖障碍、流产等，因许多症状一般不具有指征性和特异性，很难确认是由于霉菌毒素中毒而致，同时轻微或少量的临床表现，在霉菌毒素中毒后很容易被忽略。
破坏免疫系统 霉菌毒素对动物的免疫系统破坏所造成的免疫抑制是它最为严重、最为重要和最为本质的危害。近几年许多畜禽广泛存在疾病频发与难以防治，或大量使用疫苗免疫后抗体仍达不到应有滴度甚至免疫失败的现象，都与霉菌毒素有密切关系。
可致癌致畸 大量研究表明，霉菌毒素对畜禽和人类都具有致癌性、致畸性、基因毒性，以及肝毒性、肾毒性和皮肤毒性，这些毒性有的在短期内没有明显表现，但它慢性损害往往是不可逆的，也有因毒素量大则可在短期内出现症状。
降低饲料品质 饲料中霉菌毒素的存在直接造成畜禽食欲减退，采食量减少。可造成饲料单项物质损失14％～20％，最高可达31.5％，同时干扰营养物质的吸收，抑制消化酶的活性，因而降低饲料转化率，致使饲料消耗增加，生产性能下降。
对人类健康产生危害 畜禽摄入被霉菌毒素污染的饲料后，可在它的肝、肾、肌肉、血液、乳汁和蛋中检出霉菌毒素及其代谢产物，造成动物性食品的污染，通过这种食物链，对人类的健康有极大的潜在危害。
