火碱是一种消毒效果很好的药物。其2%~4%的溶液可杀死繁殖型细菌和病毒，10%的溶液在24小时内可杀死结核杆菌，30%的溶液在10分钟内可杀死炭疽芽孢。因此，火碱常用于鸡白痢、鸡瘟、鸭瘟、禽霍乱、猪丹毒、猪瘟、牛流感、结核病、布氏杆菌病、口蹄疫等传染病的消毒。一般用2%~4%的溶液对饲养场、肉联厂等的地面、畜舍、木制用具、运畜禽车辆等进行消毒。其溶液加热后使用，可提高消毒效果；加入10%的食盐，可增强杀灭芽孢的效力。
在使用火碱消毒时要注意：火碱对皮肤和器官有灼伤作用，不可用做畜体消毒，消毒时应将畜禽赶到舍外；进行消毒操作的人员，要注意自我防护，以免灼伤皮肤。火碱对纺织品、铝制品有腐蚀作用，此类用品不可用该药消毒。运输畜禽的汽车、船只用火碱溶液消毒后6~12小时，再用清水将消毒液彻底冲洗掉，以免受到腐蚀和损坏。
