一般来说，种蛋的表皮外壳上都不同程度的带有病菌。如果入孵前不进行消毒，既影响孵化效果，又会把白痢、伤寒等病传染给幼雏。因此，种蛋入孵前必须进行消毒。常用的消毒方法有以下三种：
1 新洁尔灭消毒法。此药具有较强的除污和消毒作用。种蛋消毒时，可用5%的新洁尔灭原液，加水配制成0.1%浓度的溶液，用喷雾器喷洒在种蛋表面。
2 漂白粉液消毒法。将种蛋浸入含有活性氯的1.5%的漂白粉液中3分钟，取出沥干后即可入孵。使用此法，必须在通风处进行。
3 碘溶液消毒法。将种蛋置于0.1%浓度的碘溶液中，泡30~60秒，取出沥干装盘。碘溶液的配制方法是：碘片10克，碘化钾15克，二者同溶于1000毫升的清水中，然后倒入9000毫升的清水中，浸泡种蛋10次后，溶液中的碘溶液浓度降低，如需再用，则可延长浸泡时间至90秒，或者添加新配制的溶液。
