1 为了减少种蛋污染，应尽量增加拣蛋次数。每天从上午6～11点钟和下午2～6点钟，每小时拣蛋一次。
2 应将粪便污染过的蛋、裂纹蛋及过夜蛋淘汰。
3 将每次收集的种蛋立即送到消毒柜进行熏蒸消毒。采用每立方米福尔马林42毫升，高锰酸钾21克（3倍量），密闭熏蒸30分钟，然后移入贮蛋室中10～18℃保存。
4 贮蛋室要清洁卫生无异味，无污染，每周喷雾消毒或用每立方米福尔马林28毫升，高锰酸钾14克（2倍量）熏蒸消毒一次（30分钟）。
5 种蛋入孵后（约4～8小时），当孵化温度恒定时，用两倍量的福尔马林加高锰酸钾，关闭风门熏蒸30分钟。
6 19天落盘之后6～8小时，孵化温度恒定后，用每立方米福尔马林14毫升，高锰酸钾7克（1倍量），关闭风门，熏蒸20分钟，之后按每立方米福尔马林20毫升，不加高锰酸钾进行自然熏蒸（不关风门）。至75～85%鸡只出壳，但颈部的毛还未干时。出雏结束前6小时，再用1倍量的福尔马林加高锰酸钾，关闭风门熏蒸15分钟。
7 巷道式孵化器（分批上蛋），孵化过程消毒方法如下：
①避开24～96小时胚胎，每7～10天用1倍量的福尔马林加高锰酸钾，关闭风门，熏蒸消毒15分钟。
②每周用下列配制的消毒剂在风机进口处喷雾，通过负压将消毒剂吸入箱内。用量为3000毫升（9万枚蛋左右容量）。水温为40℃。
配方：双氧水1%，醋酸0.05%，季胺0.0175%，水适量。
配制3000毫升溶液各种成份含量：50%的双氧水60毫升，20%的醋酸7.8毫升，11%的季胺4.8毫升，水2928毫升；合计3000毫升。或者直接用2%的双氧水3000毫升每周喷雾消毒一次。
③出现严重污染情况下，可将孵化室温度提高到26～30℃左右，将蛋车推出，用药液彻底清洗消毒一次，防止长期连续孵化造成循环感染。
8 空箱孵化器，用前必须用水彻底冲刷，凉干之后用消毒剂喷雾消毒一次，并用2倍量的福尔马林加高锰酸钾熏蒸60～120分钟，然后打开风机，排出有害气体备用。
9 空箱出雏器，用前必须彻底冲刷并凉干，然后喷雾消毒，再用3倍福尔马林加高锰酸钾熏蒸60～120分钟，然后打开风门，排出有害气体备用。
10 蛋盘、蛋箱或雏鸡盘必须每批采用1%火碱或氯类消毒剂浸泡12～24小时。
11 每批落盘或出雏结束之后用消毒剂喷洒孵化室一次。
12 孵化器排气孔、风扇和水槽必须每批进行清理消毒。
13 臭蛋增多时，应立即查明原因并提前照蛋（10天内），及时小心的将臭蛋清除，并放在药液中浸泡处理。
14 尽量增大孵化室的通风量、减少湿度，严防墙壁及天棚出现水珠，以免霉菌、大肠杆菌及其它病源微生物污染。
