为防鱼粉在储存过程中发生霉变，需注意“三防”：
一防返潮 鱼粉与空气长时间接触，尤其是雨天或空气湿度大时易出现返潮现象。因此，鱼粉要储存在通风干燥的地方，容器要有良好的隔潮性能。一般短时间储存可用塑料袋密封，长时间储存需用带釉的缸、罐加盖密闭，尽量使鱼粉不与空气接触。
二防高温 鱼粉中含有较丰富的鱼油，遇到高温，容易引起味道变苦，并失去营养价值。所以，盛放鱼粉的塑料袋或缸、罐要摆放在荫凉处，不能让阳光直射。如果存放处温度过高，还应采取适当方法降温。
三防生虫 鱼粉很容易孳生鲣节虫，消耗鱼粉中的养料，降低鱼粉的质量。防治的方法是经常保持盛放鱼粉的容器及周围环境的卫生。
鱼粉在储存期间，要经常进行检查。一旦发生霉变，就不可再继续使用，以免引起畜禽中毒。
