在人工饲养下，龟很容易因寄生虫侵袭出现病理变化。人工饲养下的应激反应，再加上密闭的环境易诱发寄生虫寄生。必须采取各种措施，消除寄生虫以及中间宿主的环境。
龟可能是多种寄生虫的终未宿主、中间宿主。虽然许多寄生虫无明显致病性，但可引起体重下降和死亡。
绦虫可以感染龟。绦虫有复杂生活史和中间宿主严格的地理范围。绦虫寄生时，泄殖腔周围有结片或从粪便中能分离到绦虫卵。治疗用吡喹酮75mg，盐酸丁柰脒25mg-150mg。口服，两周一次，或灭绦灵150mg-300mg每月一次。皮下组织寄生的迭宫属裂头蚴表现柔软肿胀，这些幼虫阶段的虫体可以用外科手术摘除。
龟都有线虫寄生，有几个属较重要，类圆线虫常寄生在龟消化道中，而幼虫却在呼吸道和鼻腔渗出物中。全身体壁多处出现肉芽肿，肉芽肿内包有幼虫。由此推测，幼虫可以穿透皮肤。卫生差、环境被高度污染时，常出现重度寄生虫感染。病情重时能引起龟死亡。
龟常感染蛔虫，龟的蛔虫卵与哺乳动物的虫卵相似。
龟还有许多其它种类的线虫寄生。粪便检查时能发现毛细线虫卵、毛首线虫虫卵、蛲虫虫卵。饲喂已经感染寄生虫的小昆虫时，在粪便中可见非致病性幼虫，以及所吃小昆虫的寄生虫虫卵(例如：隐管线虫)。人工饲养的龟有寄生虫寄生表现时，应进行驱虫治疗。
怀疑或已肯定某些线虫的幼虫能穿过皮肤，越过口腔再次感染。通过这个途径龟再感染寄生虫的情况时有发生。不应该直到龟有重度寄生虫感染时才给予重视。应迅速清除排泄物，搞好清洁卫生，有助于减少人工饲养下龟感染寄生虫的几率。
口服下列药物可治疗这些寄生虫：
甲苯咪唑，剂量20-25mg/kg
噻苯达唑 剂量50-100mg/kg
硫苯咪唑 剂量50-100mg/kg
两周后用上述剂量重复治疗。
已报道左旋咪唑10-50mg/kg体腔内注射 肌注或皮下注射，200mg/kg口服对于杆线(虫)属有效。依维菌素对龟的毒性与寄生虫一样明显，即使剂量价低到０.025
mg/kg，因此未推荐用于海龟。
旋尾线虫(spirurid worm)中的一种龙线虫，可引起龟皮肤肉眼可见的病理变化。许多种旋尾线虫寄生于肠系膜、腹腔和血管。治疗包括把环境温度升到35-37°C并保持24-48小时，但是某些只适应低温的龟不能耐受这种治疗方式。
龟的棘头虫和舌形虫寄生时，致病性不一。舌形虫病有时与肺炎症状有关。根据道这些寄生虫无特效治疗方法。
