消毒方案要完善要本着严格、彻底消毒的原则，根据饲养场特点设计科学的消毒方案，并结合实际不断改进和完善。消毒范围包括畜禽舍、场地、用具、物品、饲料、饮水、垫料、粪便以及进入饲养场（户）的车辆和人员等。
消毒方法多样化消毒方法包括机械清扫、阳光暴晒、紫外线照射、火焰烧灼、生物消毒和化学药品消毒等。消毒时要根据消毒对象选用合适的消毒方法，如对病禽垫草、污染物、饲料残渣等进行消毒，采用焚烧法较简便，效果也较好；对小件玻璃用具、工作衣物等进行消毒，则采用煮沸的方法较好；对畜禽舍内空气进行消毒，适于采用化学消毒药喷雾和熏蒸的消毒方法；对粪便的消毒，则适于采用生物热发酵进行无害化处理。在实际消毒中往往是多种方法联合使用，比如化学药品消毒前先要清扫污物，以减少有机物存在，这样既能提高消毒效果，又能节约消毒药用量。
药物选择要适当消毒药物的选择，原则上要选用广谱、高效、低毒、不损害被消毒物品、不会在畜禽及其产品中残留、在消毒环境中比较稳定、使用方便和价廉易得的消毒药。还要根据疫病流行特点、畜禽品种和日龄等，有针对性地选用。常用的消毒药有氢氧化钠、碘伏、高锰酸钾、甲醛、过氧乙酸、次氯酸钠、漂白粉、石灰乳、苯酚、爱迪伏、新洁尔灭、来苏儿等。有些消毒药虽商品名不同，但有效成分相同，选用时要注意查看其有效成分。
科学配制很关键配制消毒药应选用含杂质少的深井水或自来水。一般消毒药用水稀释后稳定性会变差，所以要现用现配。消毒药配制时还要特别注意配伍禁忌，如漂白粉不能与硼酸、盐酸配伍；新洁尔灭不能与碘、碘化钾、过氧化物配伍等。
消毒方法要正确消毒时要尽可能减少应激，降低对畜禽的负面影响。消毒时间要固定，最好在中、下午进行，带畜禽消毒最好在暗光下进行。消毒尽量按步骤进行，常规消毒为先清扫，后用清水冲洗，再用药物喷刷；给畜禽喷雾消毒时，要先从离门远处开始，慢慢向另一端喷，喷头向上，距畜禽60～80厘米高，使药液呈雾状慢慢下落。使用疫苗免疫前后48小时内不要使用化学药品消毒，以免影响免疫效果。另外，消毒药必须与微生物有充分的接触和作用时间，周围环境要保持一定的温度、湿度，才能将微生物杀灭，但当取得足够的消毒效果后，要加强畜禽舍通风换气，防止畜禽舍过分潮湿。
消毒时注意安全消毒时要注意防护，如配制石灰乳时要严防石灰粉飞入眼中；用漂白粉消毒时.要防结膜炎和呼吸道炎症；用氢氧化钠消毒时要防灼伤皮肤；环氧乙烷对畜禽和人体有一定毒性，要避免直接接触；熏蒸消毒时，盛药容器要够大，并耐腐蚀。另外，要及时处理好食槽、水槽等环境中的消毒药，以免畜禽误食中毒。
