第一，指纹性，红外光谱的指纹性早已成为共识。纯化合物的分子振动光谱反映了分子内部存在的各种基团具有指纹特性的振动。对于一个混合物体系，其分子振动光谱的峰形、峰位、峰强代表着体系中所含各种相应基团的谱峰的叠加。混合物组成的变化，将直接导致分子振动光谱整体谱图的变化，但仍能保持其谱图的宏观指纹性。利用这种宏观指纹性，就可以直接地或者稍作数学处理后，用于中药鉴定与质量控制。
第二，对被测试样的状态无特殊要求，气态、液态与固态皆可。因此在大多数情况下，对试样的测定可以做到不失原本性，无损性。
第三，简便、快捷，对试样只作物理粉碎压片等简单处理，无需经过繁琐的分离提取过程就可以直接测试。
第四，仪器较为通用，测定操作简便，易于推广应用。
第五，对中药进行全组分测定，获取的是全貌整体信息。因此不破坏配伍性。
第六，可以利用公认的，药效稳定的药材、成药直接进行标准化，不必专门寻求单个的，纯的标准物。