我国种猪育种的总体策略是充分利用已有的优良种猪资源，在种猪生产和研究的优势地区建立区域性联合育种体系，积极开展分子育种与遗传评估有机结合的现代猪育种技术的应用研究，推动公司化育种体系的建立，实现种猪质量的快速、可持续遗传改良。总体战略是：建立能够长期进行瘦肉型种猪持续改良的繁育体系，实现“以种猪选育为基础，核心群种猪自给、有计划地少量引种、保持国际同期种猪水平”的总体目标。
围绕这一目标，以消化、吸收、创新和推广为主体，新种质资源引进为辅，积极创建具有自我发展潜力的国家种猪遗传评估系统和瘦肉型猪育种体系，同时重点开展了以下5个方面的研究。
建立区域性和国家级联合育种体系
采用区域性联合育种的方式，在几个主要种猪生产地区，如北京、华南、华中、西南等地，选择有条件的技术依托单位，组织有关养猪企业共同建立联合育种体系，加快以区域性中心公猪站为纽带的种猪遗传联系网的建立，选育我国自己的优质瘦肉型种猪专门化品系，利用地方资源选育高繁殖力和肉质优良的新品系。在此基础上，逐步形成国家级的联合育种体系。
建立优质瘦肉型种猪遗传评估体系
利用现代信息技术建立标准化的种猪信息库，开发基于“浏览器/Web服务器/数据库系统”3层网络体系结构的网上种猪遗传评估系统，推动大、中、小型种猪场遗传联系的建立，建立跨场间遗传联系，提高场内和跨场间遗传评估的准确性，开展区域性跨场间遗传评估、遗传参数评估、经济加权系数的研究。
培育中国瘦肉型猪新品系和配套系
在建立国家级区域性联合育种体系基础上，开展跨场间新品系的培育与配套系选育，达到资源合理利用、优势互补的目的。实现大规模跨场间种猪配合力测定，筛选适合规模饲养、适应不同生产条件的高效杂交组合、区域性优化组合的配套系。
建立优质瘦肉型种猪可持续的高效繁育体系
建立以“引进种猪资源核心群→育种核心群→种猪扩繁群→种猪生产→商品肉猪生产”的种猪繁育生产体系，探索在现有种猪生产体系中，以大型养猪企业为依托的公司化育种体系，通过“技术中心＋育种公司＋种猪公司＋种猪专业户＋养猪户”的新模式，协调不同功能群生产者的利益，开展长期的种猪育种改良工作。
育种新技术的大规模应用
现代生物技术的发展为猪的育种提供了全新的途径，以大规模基因检测为基础的分子育种技术已被广泛应用，达到商业化应用的主基因和遗传标记已达数十个，大大提高了传统选择方法的准确性和效率，也为早期选择、间接选择提供了更为有效的手段，分子生物学技术对杂种优势的预测和利用也已呈现出良好的前景。在联合育种体系内有效地、大规模地应用育种新技术，将彻底改变我国猪育种的被动落后局面。
经济全球一体化带来的国际竞争压力越来越大，未来的竞争将是高新技术与经济实力的综合较量。猪育种改良技术已进入一个新的阶段，需要在个体基因型大规模识别基础上，综合利用个体和亲属各种表型和基因型信息进行个体遗传评估；利用一些优良个体通过人工授精实现跨场间使用，建立场间遗传联系，实现资源共享的区域性联合育种。其主要形式有两种：有条件的大型种猪企业作为龙头种猪育种公司，将所覆盖的中小养猪户从育种、养猪生产、屠宰加工到销售形成紧密的联合体；对于我国广泛分布的中小型养猪户和企业，迫切需要以育种技术为核心的中介服务机构，以提供性能测定、种猪评估和选择、优良公猪精液、生产管理等全方位、及时的服务，从而形成以技术为纽带的松散结构型的育种联合体。
