科学的免疫程序根据本地区或本场疫病流行情况和规律、鸡群的病史、品种、日龄、母源抗体水平和饲养管理条件以及疫苗的种类、性质等因素制定出合理科学的免疫程序。
1、正确选择和使用疫苗：选择国家定点生产厂家生产的优质疫苗，并了解疫苗的生产日期、失效日期、储运方法及储存时间。各种疫苗的储运温度均应符合说明书，严防日晒和高温。氢氧化铝及油乳剂疫苗不能冻结，否则会降低或失去效力，冻干疫苗要求低温保存，稀释后更易失效，用冷水降温，亦应在四小时内用完，特别要避免因高温、日晒、冻结、过期等因素导致疫苗失效。凡玻璃瓶有裂纹、瓶塞松动以及制品物理性状等与说明书不一致时不得使用。选用疫苗时还应考虑当地疫情、毒株特点，并严格按使用说明及注意事项进行操作。
2、预防注射过程中应严格消毒：注射器与针头应洗净，煮沸或高压灭菌。先除去疫苗瓶瓶塞的封口脱腊或铝盖，并用75%酒精棉球消毒。用一灭菌的针头插在瓶塞上不拔出，裹以挤干的酒精棉球专供吸液用，绝不能用已给动物注射过的针头吸取。一个注射器不得混用多种疫苗，吸出的疫苗不应再注回疫苗瓶内。注射针头应逐头动物更换。冻干疫苗加稀释液后充分振摇，必须全部溶解，方可使用。液体疫苗使用前也应充分摇匀，以免影响疫苗的效力或发生不安全事故。
3、防止抗生素药物影响免疫效果：免疫弱毒菌苗前后10天内不宜使用抗生素及磺胺类等抗菌抑菌药物；免疫病毒弱毒疫苗时也应禁止使用可使鸡体产生免疫应答抑制的抗菌抑菌药物，以免影响疫苗的使用效果。
4、严格操作规程，确保免疫质量：疫苗操作规程的正确与否直接决定疫苗免疫效果的好坏。饮水免疫不得使用金属容器，饮水必须用蒸馏水或冷开水，水中不得有消毒剂、金属离子，可在疫苗溶液中加入0.3％的脱脂奶粉作保护剂。在疫苗饮水前可适当限水以保证疫苗在1小时内饮完，并设置足够的饮水器以保证每只鸡都能同时饮到疫苗水。气雾免疫不能用生理盐水稀释疫苗，并保证雾粒在50μm左右。点眼、滴鼻免疫，要保证疫苗进入眼内、鼻腔。刺种痘苗必须刺一下浸一下刺种针，保证刺种针每次浸入疫苗溶液中。用连续注射器接种疫苗，注射剂量要反复校正，使误差小于0.01mL，针头不能太粗，以免拔针后疫苗流出。
5、认真做好调查，合理安排免疫时间：接种疫苗前应对鸡群健康状况进行详细调查。若有严重传染病流行，则应停止接种。若是个别病鸡，应该剔除、隔离，然后接种健康鸡。对可疑有疫病流行的地区，可在严格消毒的条件下，对未发病的鸡只做紧急预防接种。免疫接种时间应根据传染病的流行状况和鸡群的实际抗体水平来确定。鸡体对抗原的敏感程度呈24小时周期性变化，不同时间内免疫效果稍有差异。清晨鸡体内肾上腺素分泌较其他时间少，对抗原的刺激也最敏感，此时疫苗接种效果最好。
6、加强饲养管理，减少应激的发生：合理选用免疫促进剂，控制好温度、湿度和饲养密度，注意通风，勤换垫料，饲喂全价配合饲料，适当增加蛋氨酸等，确保免疫力。遇到不可避免的应激时，可在接种前后3～5天内，在饮水中加入抗应激剂电解多维、维生素C、E，或在饲料中加入利血平等抗应激药物，增强免疫效果。
7、搞好饲料监测工作：选择正规厂家生产的合格饲料，定期进行饲料检测，确保饲料及原料中铅、镉、汞、砷等化学物质及黄曲霉毒素含量控制在安全值以内。
