微生物发酵剂省时省工省成本，但要注意选择合适的产品，同时还要正确操作使用，才能达到较好的经济效益，否则会造成不必要的损失。
(1)了解发酵剂成分与来源，复合菌优于单一菌：不同用途的发酵剂来源不同，组成成分也不同，有的是单一功能菌，有的是复合菌，有的菌未经提纯复壮，本身身体不强壮，有的甚至虚弱，导致功能大打折扣或根本无效。辨别的办法是一要细看说明书，二要向厂家、经销商或技术人员咨询相关详情，三是小批量先试用。
(2)发酵类型，一般优先用好氧型：发酵类型主要有两种，即好氧发酵和厌氧发酵，一般来说，好氧发酵其发酵强度和彻底程度均远优于厌氧发酵。厌氧发酵是在特定的条件下进行的，一般发酵不彻底，如，制作沼气，或因高度缺氧，一些兼性微生物被迫厌氧发酵(特殊专性厌氧微生物除外)。
(3)发酵剂的用量及发酵时间，量少时短好：发酵剂用量越大，花钱越多，发酵耗时越长，人工成本、水电成本等各项费用越高，因而越划不来，有的发酵剂用量为1‰，有的用量为2‰，单价降下几块钱，喜欢便宜货的外行挺高兴。但回过头来一想，不对劲，成本费用相差不是一元，而是一倍！甚至是几十元！有的发酵时间为7-10天，有的为半个月或更长，耗时越长越不利，多耗一天，多一天的成本，多误一天的事。
(4)发酵后杂菌含量多少：发酵完成后杂菌越少越好，杂菌多，相当于白养了一群只管吃米不会下蛋的鸡，白白浪费营养，增加成本费用。有的厂家发酵剂或用户自留发酵菌(自留发酵菌种是一种典型的想当然，就象有的人偏不信邪，将前一茬的杂交稻或西瓜种子自留到下一茬使用一样，既可笑又危险，很可能带来巨大的损失)，甚至出现反客为主，即杂菌远多于功能菌的可笑现象。
(5)发酵彻底与否：最好发酵一次，二次发酵越少越好。
