肉苁蓉为列当科植物肉苁蓉Cistanche deserticola Y.C.Ma或管花肉苁蓉Cistanche tubulosa（Schrenk）Wight的干燥鳞叶肉质茎。2005版《中国药典》对肉苁蓉和管花肉苁蓉的含量测定分别作了介绍。文献报道的有关肉苁蓉及其制剂的含量方法主要为高效液相色谱法、毛细管电泳法和薄层层析法等。
一、高效液相色谱法
2005版《中国药典》肉苁蓉含量测定项下：
色谱条件与系统适用性试验：以十八烷基硅烷键合硅胶为填充剂；以乙腈-甲醇-0.1%醋酸溶液（10：15：75）为流动相，检测波长为334nm。理论板数按松果菊苷峰计算应不低于4000。
供试品溶液的制备：取本品粉末（过四号筛）约0.5g，精密称定，置50m棕色量瓶中，精密加入流动相25ml，称定重量，浸泡0.5小时，超声处理（功率230W，频率35KHz）40分钟，放冷，再称定重量，用流动相补足减失的重量，摇匀，离心，静置，取上清夜置棕色量瓶中，即得。
管花肉苁蓉含量测定项下：
色谱条件与系统适用性试验：以十八烷基硅烷键合硅胶为填充剂；以甲醇-0.1%甲酸溶液（28.5：71.5）为流动相，检测波长为330nm。理论板数按松果菊苷峰计算应不低于3000。
供试品溶液的制备：取本品粉末（过四号筛）约1g，精密称定，置100m棕色量瓶中，精密加入50%甲醇50ml，密塞，称定重量，浸泡30分钟，超声处理（功率230W，频率35KHz）50分钟，取出，放冷，再称定重量，用50%甲醇补足减失的重量，摇匀，滤过，滤液置棕色量瓶中，即得。
文献报道的HPLC法色谱条件一般为药典规定的，常用的流动相系统为乙腈-甲醇（水）-醋酸溶液、乙腈-乙酸溶液、乙腈-甲醇-水
张思巨等采用RP-HPLC同时测定肉苁蓉中松果菊苷和毛蕊花糖苷的含量。美国HP-1100高效液相色谱仪，GB11A四元泵，G1313A自动进样器，G1316A柱温箱，D1315A二极管矩阵检测器，HI-HEM色谱工作站；UV-3000紫外分光光度计(Shimadazu，Japan)；色谱柱：YMC-Pack ODS-A(4.6 mm×250mm，5μm；YMC Co，Ltd，Japan)；流动相：CH3CN-MeOH-1％HAc(10：15：75)；检测波长：334nm；流速：0.7mL/min；柱温：30℃。样品用流动相溶液超声提取。
张炬等测定不同寄主和不同产地肉苁蓉中松果菊苷和麦角甾苷含量。Agilent 1100高效液相色谱仪，Agilent 1100化学工作站。色谱柱：美国SUPELCOSIL LC-18柱(250mm×4.6mm，5μm)。流动相A为乙腈-水-冰醋酸(13：86：1)，用于测定松果菊苷；流动相B为甲醇-水-冰醋酸(32：67：1)，用于测定麦角甾苷。流速1.0mL/min。检测波长335nm(松果菊苷)、334nm(麦角甾苷)，柱温为40℃。药材用甲醇超声提取。
二、毛细管电泳法
蒋受军等用胶束毛细管电泳测定小野芝麻中毛蕊花糖苷的含量。以槲皮素为内标，采用美国Beckman P／ACE 5500型毛细管电泳仪，DAD检测器；MECC)，未涂层弹性石英毛细管(75μm×56cm，有效长度50cm)；压力进样，压力：138kPa，进样时间：10s；电压：15kV；柱温：25℃；检测波长：350nm；运行缓冲液：50mmol/L硼酸溶液-50mmol/L磷酸二氢钠溶液-20mmol/L脱氧胆酸钠溶液(1mol/L氢氧化钠溶液调pH=8。5)；运行时间：35 min。样品溶液的制备：取本品2g，精密称定，置索氏提取器中，加氯仿-石油醚(30～60℃)(4：6)的混合液100mL，水浴中提取至溶液近无色，弃去溶液，残渣挥尽溶剂，加甲醇90mL，水浴中提取至溶液近无色，分取甲醇液，置100mL量瓶中，用适量甲醇洗涤容器，溶液并人量瓶中，并定容至刻度，摇匀，精密量取50mL，置三角瓶中，减压浓缩至干，用20mL水分数次溶解残渣，加于已处理好的聚酰胺柱(玻璃柱，直径1.5cm，聚酰胺2g，90～180目，水装柱)上。先用50mL水超声洗涤容器，加于柱上洗脱，弃去水液；再用10％乙醇溶液30mL超声洗涤容器，加于柱上洗脱，弃去洗脱液，再用50％乙醇溶液100mL超声洗涤容器，加于柱上洗脱，收集洗脱液，减压浓缩至干，残渣加甲醇溶解并定容至5mL，摇匀，精密吸取1.0mL，置蒸发皿中蒸干，精密加入内标溶液4.0mL，超声使溶解，0.45μm的微孔滤膜滤过，即得。HPLC法与HPCE法测定毛蕊花糖苷含量的结果基本一致，HPCE法由于其高效快速的特点，改善了分离效果，较HPLC法缩短了分析时间(HPLC法需用时约60 min)。HPCE法可以作为一种有效手段来控制小野芝麻药材的内在质量。
三、薄层-紫外法
肉苁蓉中化学成分复杂，所以样品前处理比较麻烦。如：胡君萍等用薄层-紫外法测定肉苁蓉中松果菊苷的含量。HP 8453紫外-可见分光光度计(美国惠普)；松果菊苷对照液在333nm处有最大吸收。方法：硅胶G板，氯仿-甲醇-水(6：4：0.5)为展开剂，上行展开，定位，刮下斑点。加甲醇定容至1Oml，振荡2min后过滤，弃去初滤液，取续滤液在333nm处测定吸收值(以无斑点处残留硅胶的甲醇溶液为空白)。供试品溶液制备：将3种肉苁蓉药材分别粉碎，精密称取药材粉末各2g，加甲醇2Oml，超声提取3次，每次3Omin，合并甲醇提取液，浓缩至干。残渣加1Oml水溶解后，加入2Oml大孔吸附树脂柱的顶端，以200ml水淋洗后，再用150ml甲醇洗脱，收集甲醇液并浓缩至5ml容量瓶中，摇匀，备用。