兽药残留的原因不执行休药期规定一些畜禽养殖场(户)不按休药期的要求，在畜禽出栏前或奶用畜产奶期间还继续使用兽药，造成兽药残留，最为典型的是患乳房炎的产奶牛在用抗生素治疗期间，所产的“抗生奶”仍然出售，供人食用。
动物疫病威胁，导致滥用药物由于我国目前动物疫病时有发生，给养殖业带来极大威胁，且造成很大经济损失，一些养殖场(户)为减少动物疫病的发生及死亡，提高成活率，增加经济效益，滥用药物，特别是滥用抗生素。
违规使用盐酸克伦特罗(俗称“瘦肉精”)等违禁兽药盐酸克伦特罗、喹乙醇等药物能改善畜禽胴体品质，加快生长速度，提高瘦肉率，但对人体健康危害严重。一些不法生产经营企业和养殖场(户)为追求经济利益，在饲料中添加“瘦肉精”等禁用兽药，造成多起中毒事件。
生产、经营、使用假冒伪劣兽药、违禁药物。
小规模兽药企业过多，其产品质量难以达到标准，同时增加了监管难度。
法律滞后，监管不力国家对兽药残留检验、监测、监管立法滞后，没有明确的法律法规进行规范，缺乏专门监管机构和监管队伍，导致监管不力。
养殖水平较低长期以来，我国畜禽饲养仍以农户散养为主，而且在短时期内不可能得到根本改变。分散饲养，加大了控制兽药残留的难度。
对兽药残留的危害认识不足由于药残需要通过实验室检测才能发观，人们无法用感官发现，故容易被人忽视。
兽药残留的危害过敏反应动物使用抗生素后可在体内残留累积，人类食用含抗生素残留的动物产品可引起过敏反应，严重者可危及生命。
中毒一些含药残的动物产品可引起人体中毒，最典型的莫过于国内外都曾发生过的食入含有盐酸克伦特罗的猪内脏发生的中毒。
产生抗药性人体食用含抗生素残留的动物产品达到一定量以后，使敏感菌产生耐药性，人类感染后使用抗生素无效或药效下降，对人体健康构成很大威胁。
三致作用一些药残进入人体后具有致癌、致畸、致突变作用。如呋喃西林是一种致癌抗生素，其残留对人体产生致癌作用；丙咪唑类药物残留对人体产生致畸、致突变作用。
激素样作用兽用激素类药物残留，影响人体正常激素水平和功能，使儿童肥胖、早熟等。
影响贸易由于畜产品药物残留危及人体健康，使用违禁兽药及药物残留超标，导致我国畜产品出口受阻，极大地影响了畜牧业的健康持续发展。
如何应对兽药残留
加快立法进度，加大执法力度建立和完善各项法律法规、饲料安全标准、动物产品有毒有害物质及兽药残留标准，使对兽药残留的监控、对违规用药造成残留超标事件的查处等活动能够依法进行。
健全机构加快兽药残留管理和监测机构的建立和完善，使之形成从中央到地方完整的兽药残留管理和检测网络。
严格执法畜牧兽医行政部门要严格执行《兽药管理条例》、《饲料和饲料添加剂管理条例》及其配套规章、规定，规范企业生产、经营行为；加大执法检查力度，严厉查处在饲料中使用违禁药品的行为。
制定计划建立兽药残留监控计划，尤其要制定未来5年至10年的兽药残留监控计划。把对人体健康危害大、国外重点监测、国内有滥用倾向的兽药列入重点监控计划中。
加强监测兽药饲料监察机构应加强畜产品安全控制的意识，主动承担检测、监测和科研任务，对养殖场(户）、屠宰场和食品加工厂开展兽药残留的实际检测工作，为兽药残留的控制提供科学依据。
广泛宣传通过各种新闻媒体及多种措施进行宣传，使养殖场(户)、兽药生产和经营单位(个人)、饲料和饲料添加剂的生产、经营单位(个人)以及广大消费者了解、掌握科学使用兽药和饲料安全的重要性，提高全民对畜产品安全问题的认识，降低药残危害。
改革兽医管理体制加强对饲料生产企业、兽药生产企业及养殖过程的监管。
积极推进兽医体制改革将政府行为与市场行为、执法行为与服务行为区别开来，逐步推行官方兽医制度和兽医从业资格准入制度，突出执法职能，本着精简高效、责权分明、规范执法、强化服务、完善机构、稳定队伍的原则，建立新型的兽医体系。
建立标准养殖小区规范养殖技术，强化养殖过程的监管。
畜禽养殖场必须在规定停药期后，方可出栏畜禽，在休药期间不得出售畜禽供人食用。
在饲养过程中使用的兽药必须是国家有关法规允许使用的，不得使用违禁药物、未被批准的药物、可能具有“三致”作用和过敏反应的药物。
做好用药记录，妥善保存备查。
严厉查处生产、经营、使用违禁兽药的行为。对违反国家规定的兽药生产（经营)企业、饲料厂、畜禽养殖场(户)要严厉查处，对查出的含违禁药物的饲料、兽药、畜禽及其产品要坚决进行无害化处理，并对有关单位(个人)进行严厉处罚。
提倡畜禽标准化、规模化和集约化饲养加大动物疫病防治力度，减少疫病发生；加强科学饲养管理，提高动物抗病力，减少药物使用，降低(避免)药残，确保动物源性食品质量安全。