在海湾扇贝人工育苗中，使用抗菌类药物不仅可以杀死育苗水体中的细菌，还可以抑制原生动物的繁殖，提高育苗成活率，为了提高施药效果，在育苗中应注意以下几点：
（１）幼虫变态期适时施药：由于幼虫变态期体内器官尚不完善，加上条件不适，易造成体质衰弱，引起细菌、原生动物侵染而造成死亡。在生产中，要抓住卵子→担轮幼虫→Ｄ型幼虫，壳顶初期幼虫→壳顶中期幼虫，眼点幼虫→附着期等主要变态期，适时施药，此时施药效果最佳，可有效防止幼虫大量下沉及死亡，提高育苗成活率。
（２）各种药物须交替使用，避免细菌，原生动物产生抗药性。
