毛细管电泳(Capillaryelec。trophoresis,CE)主要分为毛细管区带电泳(CZE)、毛细管胶束电动色谱(MECC)、毛细管凝胶电泳(CGE)、毛细管等速电泳(CITP)、毛细管等点聚焦(CIEF)、毛细管电色谱(CEC)、亲和毛细管电泳(ACE)，其中以CZE和MECC在药物分析中应用较多。现就其在体内药物分析中的应用作一介绍。
Hsu LC等用HPLC和CZE同时测定喷昔洛韦（PCV）的含量，相对于HPLC的22min出峰，CZE只需7 min，且不用有机溶剂，虽然CZE的灵敏度较HPLC差，但明显具有快速、简便等优点。
Zhang SS等用CZE检测人尿中的阿昔洛韦（ACV）含量，同时比较紫外检测器和电化学检测器，紫外检测的检测限8.5μg/ml，使用电化学检测器，检测限可达0.15μg/ml。
Zauggs等用β-环糊精为手性添加剂的CZE方法合用以十二烷基硫酸钠为表面活性剂的MECC的方法分离奎宁、奎尼丁等化合物，利用化学免疫方法鉴别出奎宁、奎尼丁。利用CZE、MECC和LIF检测器特别适合奎尼丁及其代谢物在尿和血浆中的分析，以及奎宁在尿、唾液、血清中的分析。奎宁、奎尼丁在体液分析中，MECC和LIF检测器其检测限能达到10μg/mL，MECC、CZE和uV检测器其检测限能达到ppm。
段京莉等在HPCE测定茶碱浓度的方法研究中，将血浆样品用三氯醋酸沉淀蛋白，以咖啡因为内标，所用缓冲液[50mol／L十二烷基磺酸钠(SDS)加人25 mmol／L磷酸盐缓冲液]DH为8.0，进样，于203mn处检测，茶碱、内标与杂质成分分离完全，血浆对测定没有干扰，平均回收率为101.75％ ，日内RSD小于3％，日间RSD小于4％(r=0.9987)。该法与HPLC测定法比较，其测定结果无显著性差异，适用于临床病人血药浓度监测。
陈亚飞等利用毛细管电泳测定兔血浆中苦参类生物碱的浓度经时变化过程。HPCE和HPLC相比，在分辨率、分离效能及减少样品体积方面具有较大的优势，似乎可以认为通过HPCE进行定性分析时获得的信息极大地补充，甚至取代HPLC方法。毛细管不易污染，也容易再生。CE可直接分析“脏”样品，大小分子可同时分析。由于毛细管电泳为柱上检测，光程短，其浓度灵敏度要低1～2个数量级，而采用柱上富集技术来提高灵敏度，可使CE检测灵敏度和HPLC媲美。CE容易选择各种分离性的添加剂，还可与质谱等联用，能较好地替代HPLC效率低、分析物在溶剂系统中扩散系数小等不足。用CE在线浓缩可使检测限降低5000倍，从而使得CE成为检测体液中较低浓度药物的有力工具。
夏东亚等利用HPCE法测定人血清中美罗培南的浓度，血清样品用乙腈沉淀蛋白，以头孢哌酮(工)为内标，缓冲液(66mmol／L磷酸盐缓冲液)pH为5.8，正极压力进样，进样压力为5kPa，分离电压为30kV，柱温为25℃ ，检测波长为297nm，测得美罗培南(Ⅱ)及I与血清中其他内源性杂质完全分离，在5～200mg／L范围内Ⅱ／I的峰面积比与浓度呈良好的线性关系，方法回收率为98.45％～101.42％ ，日内和日问RSD分别小于8％和14％，最低检测浓度为4 mg／L。此法简便、快速、准确，适用于临床药动学研究及血药浓度监测。
