指纹图谱的建立是具有一定阶段性的。就目前而言，指纹图谱的研究还处于起步阶段。我们认为中药指纹图谱的研究及建立应该分为两个阶段，即初级阶段和高级阶段。
首先在初级阶段，通过对大量注射剂的指纹图谱研究，建立系统的测定方法和全面的指标控制参数，寻找一定的数学模型，最终达到指纹图谱的可操作、可控、稳定、显性和量化的目的，提高整个中药注射剂的质量控制水平，并以此抛砖引玉，逐步建立其他类中药制剂的指纹图谱。在指纹图谱研究的整个初级阶段，工作的重心应该放在建立测定方法，对方法稳定性和适用性的考察，有效部分基础研究，图谱多指标控制，数学建模，物理指标相关性研究等多个方面，力求基本阐明中药的化学基础，质量控制参数。
指纹图谱研究的高级阶段即指纹特征和药效相关性研究的指纹图谱的生物等效性的研究。根据中药已知的疗效，确定相应的药效试验方法，根据组成中成药的各味药材或有效部分和成分的现有化学和药理资料，结合工艺，确定中药中可能存在的化学成分类别，采用现代分离手段（如超临界萃取、大孔树脂柱、逆流色谱及各种色谱）将其分离成各个化学部分(化合物群)，分别做各种药效试验，最终确定中药中个有效部分（即药效试验肯定的化学部分）和其所含的有效成分（各种化合物）的数量比例。这样得到的中药多维多息特征谱，包括了体现药效信息的多个有效部分的各种指纹图谱，更进一步解决了如何体现中药制剂的整体性和复杂性的难题。
