一、灾后新建畜禽场舍的选择：重新建场，畜禽场舍应建在远离村庄、交通方便、地势高燥和没有病死畜禽及其污染物污染的地方，圈舍四周应挖排水沟，以减少洪涝灾害时对畜禽生产的危害。
二、灾后畜禽舍的处理：在确保畜禽舍没有安全隐患的前提下，首先清除畜禽舍内溺死的动物尸体、洪水退去后留下的污泥、粪料及杂物等，然后对地面和水泥墙面进行冲洗，冲洗干净后再进行消毒，常用的消毒药为2－3％的烧碱水、20％的漂白粉等，笼具和舍内空间可用3％的来苏尔或0.02－0.03％的过氧乙酸喷洒消毒，用药后畜舍尽量密封，以保证消毒效果。
最好间隔几天消毒一次，连续2－3次。随后要加强通风换气，待舍内清洁干燥后，方可转入畜禽。畜禽转入后，还要定期开展杀蚊灭蝇及灭鼠工作，以减少通过蚊虫和老鼠传播疫病的机会。
三、灾后畜禽舍周围环境的处理：首先清除周边可能见到的溺死动物尸体及其他污染物；清除排水沟里的污水、污物，保持排水畅通，以减少蚊虫的滋生。对畜禽舍周围环境在清扫后进行消毒，消毒应包括畜禽舍周围5米内的地面及畜禽舍外墙面，可用2％－3％的烧碱溶液喷雾消毒，畜禽舍周围1.5－2米地带可撒生石灰消毒；运送畜禽粪便的道路、粪堆等地面可用过氧乙酸或烧碱溶液喷洒消毒，并将清扫后的粪便及污物、杂物等进行堆积发酵，利用生物热进行消毒。
四、灾后畜禽及其他动物尸体的处理：对收集的病死或溺死畜禽尸体及死鼠尸体一定要进行无害化处理，最好的办法是在远离养殖场、村庄及水源的地方，挖一深达2米以上的深坑，把病死动物的尸体及其污染物放入坑内，浇洒柴油或汽油进行焚烧，焚烧结束撒上生石灰，在用土厚厚的埋上。这样可彻底杀灭病原菌，不为今后留下隐患。灾后畜禽粪便的处理：畜禽粪便含有大量的病原菌和寄生虫虫卵，是畜禽传染病和寄生虫病的传染源，如果处理不当，很可能会造成疫病的传播和流行。粪便消毒最经济实用的方法，是堆积发酵，利用生物热进行消毒，可有效杀灭大多数细菌、病毒和寄生虫卵囊。粪堆表面及四周可用2－3％的烧碱水进行喷洒消毒，如能用塑料薄膜将粪堆严密覆盖效果更好。
五、灾后饲料的安全处理：加强对灾后饲料的管理，防止霉变饲料对畜禽造成危害。预防饲料霉变的方法有：（1）将饲料保存在空气流通、清洁干燥的地方。（2）密封贮存饲料，抑制霉菌生长。（3）饲料中加入防霉剂：每吨配合饲料中加入0.5千克的克霉净，可使饲料2个月不霉变，不结块。因洪涝而造成的霉变饲料最好不要直接饲喂畜禽，以防引发畜禽霉菌病和霉菌毒素中毒。但为了减少损失，对霉变不太严重的饲料可进行脱毒处理后，少量搭配饲喂，常用的脱毒方法有：（1）水洗去毒法（2）蒸煮去毒法等。
六、灾后畜禽饮水的安全处理：水灾后，灾区河塘里的水质严重污染，各种病菌混杂，极易引发畜禽疫病，不可直接作为畜禽的饮用水。对于污染的井水可采取抽空排尽的办法，让其重新渗入干净的井水，再用漂白粉消毒一次，即可作为畜禽的饮用水；如果没有井水，也可通过饮水消毒的方法来处理河塘污染水，可先用明矾等对取回的河塘水进行沉淀处理，再用消毒剂如漂白粉、百毒杀等进行消毒，或通过煮沸的方法直接进行杀菌消毒，经过这样处理的水就可以放心的饲喂畜禽了。对水灾后受到污染的畜禽饮水器、水槽、食槽等也要通过清洗、消毒后方可再次使用；另外，每次放牧前要让家畜喝到足够的清洁饮水，以防放牧时牛羊等家畜因口渴而乱饮污水导致生病，且不要在有污染的草地上放牧；鸭群在放牧时还要当心吃了洪水退却后河边遗留下的死鱼虾而引起的肉毒梭菌毒素中毒症。
七、灾后更要加强饲养管理，保证饲料营养均衡，提高机体抵抗力。水灾过后，经历了水灾恶劣环境的畜禽身体体质下降，在灾后高温高湿的饲养条件下，很容易感染发病。所以，务必加强畜禽舍的通风换气，保持畜舍干燥、卫生，并适时予以降温，给畜禽创造一个良好的生活环境；另外要保证饲料营养全面，不能因为饲料原料价格高就任意降低饲料营养标准，或缺少维生素和微量元素等，结果会导致体质下降，容易继发其他疫病的发生。所以，一定要根据畜禽不同生长阶段的需要供给营养全面的饲料，适当增喂一些复合多维、电解质及免疫增强剂等，以增强机体的抗应激能力和抵抗力，在疫病高发期还要在饲料中添加抗菌素和抗病毒药物以预防疫病的发生。如近期我国长江流域猪的高致病性蓝耳病发生较严重，一旦发病很难治愈，所以必须提前做好防疫和药物预防工作。
八、灾后要加强畜禽传染病和寄生虫病的适时监控，做好免疫预防工作。水灾过后，灾区幸存的畜禽大多有和污染源接触的机会，有隐性带菌或潜伏感染的可能，养殖人员和基层兽医人员必须密切监控，如发现疫情并怀疑为烈性传染病时，必须立即上报，并对疫区或疫点进行封锁，隔离和消毒，不得私宰、出售和食用病死畜禽，以免造成疫情扩散，待疫情确诊后根据确诊的病性再采取相应的处理措施。对可能发生的疫病要进行紧急免疫接种，可根据当地历史上发生过的疫情和现行发生的疫情及时给健康畜禽接种相应的疫苗。因被洪水淹没过的畜禽舍，各种致病菌及病毒都有可能存在，而且有些传染性很强。因此在畜禽入舍之前一定要做好疫苗的接种工作，在接种的过程中，要严格按照操作规程进行，不得漏注或少注，对要求加强免疫的疫苗应按时复种，如猪瘟等。水灾后一般不宜立即补栏，在为补栏做准备的同时，要观察本场和临近饲养户现存畜禽的健康状况，至少观察15－20天后所养畜禽一切正常才可考虑引种补栏，所引进的畜禽必须来自非疫区，且已经做过必要的免疫预防，在隔离饲养后确认健康时方可合群饲养。对在污染草场放牧的牛羊等家畜要投服广谱驱虫药以驱除体内可能感染的寄生虫；对灾区畜禽寄生虫病也要开展普查工作，一旦发现疫情，要立即在流行区内普遍进行驱虫，并定期进行检测，了解和巩固治疗效果。
