种猪群感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)后，通常可以观察到母猪出现繁殖障碍及猪群的死亡率上升。几个月后，猪场的生产参数可能回到感染前的水平;然而，持续性感染和易感猪群的同时存在可能延长病毒在猪群中的传播时间。如果阴性的后备母猪、曾感染过PRRSV的后备母猪、排毒的猪，在混群时被分到了同一种猪群，病毒可在这两类后备母猪的体内复制(图1)。疾病的这一动力学特点造成了感染PRRSV的仔猪在混群后以及母源抗体水平下降后表现出临床症状。感染PRRSV的保育猪可能给母猪群和附近猪场造成感染风险。经济学研究表明，PRRS造成的经济损失主要来自其对断奶后仔猪而非母猪的影响。
在那些已经意识到蓝耳病的经济影响的国家，防控蓝耳病的主要目标是保持断奶仔猪始终处于阴性状态。2011年美国猪兽医协会成立了由DrsHoltkamp 与Polson 领导的专业委员会，旨在依据蓝耳病的感染状态，发展出对猪群进行分类的标准术语。此分类方法描述了在稳定或清除蓝耳病的过程中，使用推荐的检测方法来将猪群区分为阳性(类型I)、阴性(类型IV)等不同的等级。
若一个猪群在连续4个月采集即将断奶的仔猪血清样品，每次至少30份，以5份样品为一组进行多模板多引物PCR(Pool PCR)检测，结果为阴性即可判断猪群是蓝耳病稳定群(类型II)(共90天内，做24份PCR 检测，涉及120份血清样本)。一旦确定某猪群是蓝耳病稳定群，ELISA 检测阴性的后备母猪可以与之前感染且康复的猪混群。当后备母猪被引入到猪群2 个月后，ELISA 检测60份后备母猪血样呈阴性时，可据此将猪群定义为假定阴性猪群(类型III)。当先前感染过的所有母猪(ELISA检测阳性)均被替换为ELISA 检测阴性且没有被病毒感染的后备母猪时，可将猪群定义为阴性(类型IV)。
清空感染猪只、引进阴性猪、检测、移除等综合措施已经成为清除种猪群蓝耳病病毒感染的推荐方法。但是从感染猪群中清除蓝耳病病毒的最经济划算措施是封闭猪群或装载后备母猪-封群-同群感染。此操作规程可用于急性或地方性感染的种猪群。
通常首先引入猪舍能够装载的最大量的后备母猪(装载LOAD)，接着立即停止从内部或外部引入后备母猪或公猪，直到猪群被判断为达到“稳定群”标准(CLOSE封闭猪群)。最后，将猪群中的每头成年猪使用本场的蓝耳病活病毒或蓝耳病弱毒疫苗同群感染或免疫1 ～ 2 次(均质化)。本操作规程有一个特殊之处，即：“场外育种”，是指设立一个独立的栋舍，阴性的后备母猪在此饲养，仅当确定猪群已经达到稳定状态才可将配种后的母猪移至种猪群，或使用同一个病毒分离株同群感染所有的后备母猪。生物安全与监测规程对于防止蓝耳病病毒感染这些后备母猪至关重要。
在对猪群进行蓝耳病病毒同群感染几周之后，断奶仔猪的PCR检测阳性比率会开始下降(图2)。在封群后的某个时间点，通常是16周之后，新生仔猪将无病毒血症，但在哺乳期间偶尔会发生感染。因此，严格执行内部生物安全，最大限度地降低产房内的感染并对断奶仔猪进行有效的隔离，这些措施将对从猪群中彻底清除蓝耳病病毒至关重要。最近明尼苏达大学的一份研究报告表明：猪群封群后，通常需要经过30周左右(12～43周)才能稳定地生产出PCR呈阴性的断奶仔猪。作者同时发现：感染病毒的方法及之前猪群的感染状态都会显著地影响猪群达到稳定所需的时间。区分“猪群封闭herd closure”与“封闭的猪群closed herd”这2个概念是非常重要的。一个封闭的猪群不从其他猪场引入新猪，但仍将内部的断奶仔猪培育成后备母猪。采用从断奶至上市与连续性生产模式的猪群从外部引入新的传染性病原的风险常较低，但那些已经存在病原在猪群内反复循环的风险较高。
