消毒在口蹄疫防控工作中十分关键，其贯穿于口蹄疫防控工作的始终，彻底的消毒可有效切断口蹄疫的传播途径。但是，很多猪场在进行口蹄疫消毒时常走入误区导致消毒不彻底，从而使口蹄疫得不到有效防控。
注意事项：
（1）不使用过期、无效的消毒药：要选用效果确实有效的药物，如酸碱类消毒剂；不使用过期失效的药物以及对口蹄疫病毒无效的药物，如来苏尔、新洁尔灭等。
（2）不使用相互颉颃的药物：掌握常用消毒药物的基本化学性质，拒绝同时使用化学性质相反的药物；对化学性质不清楚的药物，要单独使用，防止药物相互颉颃。
（3）部分药物要现配使用：针对一些易挥发的消毒剂，如过氧乙酸等，最好现配现用，会取得较好的效果。
（4）采用最适药物及作用条件：注意环境温度及湿度，选择最适药物及用药的方式和方法。
（5）消毒时间要充足：消毒时间宁长勿短，除烧碱等强腐蚀性药品之外，其他消毒药物投药后可不必立即冲洗。
（6）常规消毒与污染物消毒的方法：在常规消毒时，为了保证药效，应先清扫粪便、积水，后喷洒消毒药物；被口蹄疫病毒污染的粪便、污水等，应先洒消毒药，且要加大浓度，再清扫，后再进行二次消毒。
