为了有效控制各种病害在水生养殖动物中的流行与危害，依靠药物防治疾病依然是重要而不可或缺的对策之一。只要能在水产养殖过程中做到正确选择药物和科学使用药物，就可以做到安全用药并有效避免水产品中的药物残留问题的出现。
重视基础研究
国家水产行业主管部门不能因为出现了水产品中某种药物残留问题就对这种药物采取一禁了之的措施。而是要制定一个较为系统而相对长期的研究计划，力争利用3年~5年时间，通过组织相关研究机构和人员，面向水产养殖实际生产中的疾病防治问题，重点开展实用技术研究，为水生动物养殖业者提供实际可操作的疾病防控技术。同时，要组织有一定技术水平的研究机构和人员开展病原微生物对抗菌药物敏感性变化的常年监测工作，因为这种数据是水生动物执业兽医在诊疗活动中决定采用什么药物、使用何种剂量控制疾病的基础资料，是科学、精准使用水产用兽药中抗菌素类药物的基础。
要了解和掌握不同水域中病原微生物耐药状况的变化。病原微生物产生耐药性，是抗微生物兽药经过较长期使用后必然出现的现象。随着这些药物在水产养殖中应用数量增多和时间的延长，水生动物的致病菌对各种抗菌素的耐药性也在不断变化。因此，对养殖水域中病原菌对各种抗菌药物的敏感性进行监测，及时了解致病菌耐药性的变化趋势，对于正确选用药物和确定各种药物的使用剂量是十分重要的。没有这样的资料，是根本不可能做到科学、规范使用水产用兽药中抗生素类药物的。
近年来，农业部兽药管理部门已经陆续禁止了一部分抗菌药物在水产养殖业中使用，如磺胺脒、呋喃唑酮、氯霉素、环丙沙星、喹乙醇等。
让水生动物执业兽医尽快上岗
要做到准确地诊断疾病，需要具备专业知识的技术人员参与水生养殖动、植物疾病的诊疗活动。确定水生养殖动物疾病的病原体和对疾病作出正确地诊断，是正确选用药物和获得良好药物疗效的基础。由于在水产养殖业中经验性的采用药物治疗也确实能解决一部分疾病的治疗问题。因此，使许多养殖业者愈来愈不重视对疾病做病原学的检测。也正是因为在使用药物之前，对导致疾病发生的病原体不清楚，最终导致因选用药物的针对性不强而造成药品浪费，以致引起菌群失调，增加养殖水体和养殖动物体内耐药菌的数量。
重视水生动物自身的免疫功能
在饲养过程中重视增强水生动物自身的免疫功能。药物对控制疾病固然非常重要，往往对有效控制疾病起重要的作用。但是，任何药物在疾病的治疗中都不是决定疗效的唯一因素。其实，决定疗效的重要因素是水生动物的内因，是机体的免疫功能和对病原体的抵抗力。毫无疑问，只有在水生养殖动物自身的免疫系统没有被完全摧毁，而仍然存在免疫防御能力的前提下，药物才能发挥其治疗疾病的最佳作用。因此，在水生养殖动物的疾病流行期间，应该注意采取措施（如在饲料中添加适宜的免疫刺激剂等）以增强饲养动物的免疫防御机能。国家有关部门要支持科学研究渔药的生产企业，开展一些渔用免疫增强剂的研究工作，筛选一批具有使用价值的渔用免疫增强剂。
杜绝错误的防控疾病方法
水产用兽药中抗生素类药物不是用来预防疾病的药物。我认为，“预防疾病是减半”、“治病先杀虫”的说法是荒唐的。当使用的某种水产用兽药不能达到抑制或者杀灭致病微生物的浓度时，就只能导致病原微生物产生对这种药物的耐药性。
遵守休药期
任何水产用兽药进入水生动物体内之后，均会出现一个逐渐衰减的过程。因为药物的种类、使用药物时的环境水温和水生养殖动物的种类不同，水产用兽药在水生动物体内代谢过程所需的时间长短也是有所不同的。因此，为了保证水产品消费者的安全，避免水生动物体内残留的药物对消费者健康的影响，每种水产用兽药都要设定其相应的休药期。水生动物养殖业者对所饲养的水生动物使用药物后，绝对不能将休药期尚未结束的水生养殖动物起捕上市。
综上所述，水产品质量安全问题虽然不仅仅是药物残留的问题，水产品中的药物残留与水生动物养殖业者不科学、不规范地使用药物是有关的。但是，将药物的残留问题都简单地归于水生动物养殖业者没有规范用药，或者将彻底解决问题的希望全部放在提高水生动物养殖业者规范用药的意识上，这是水生动物养殖业者无法承受的，也都是不现实的。要解决养殖水产品中药物残留问题，仅仅依靠水产行业主管部门对水产养殖业者空喊注意科学用药，或者让部分水产科技工作者向养殖业者讲解科学用药的基本原则，也是不能解决根本问题的。有必要安排一些相关科学、规范用药的研究项目，获得一些实用性和操作性强的研究结论告知水生动物养殖业者，才是解决水生动物养殖业者正确处理好水产用兽药使用与养殖水产品质量安全之间关系的根本途径。
在科学研究结果尚不能满足我国水生动、植物养殖中科学使用水产用兽药中抗菌素药物的需要，或是水生动物执业兽医也难以做到科学使用抗菌素类药物时，建议尽量克制抗菌素类药物在我国水生动、植物养殖业中的应用。
