1、产生钝化酶
对氨基糖苷类药物的细菌，其主要耐药机制是产生各种不同钝化酶。
2、核糖体结合位点发生改变
临床分离到的许多对氨基糖苷类产生耐药性的细菌主要是通过细菌产生的各种钝化酶的修饰作用来实现的。但结核分枝杆菌对链霉素的耐药是由于链霉素的作用靶位16s核糖体的某些碱基发生了突变，或是与核糖体结合的核蛋白16s的某些氨基酸发生了突变而造成的。
3、药物摄取的减少
药物摄取的减少主要是由于膜的通透性降低所引起的，而基因突变可导致膜的通透性降低，可使能量代谢如电子转运收到影响而减少氨基糖苷类药物的吸收；也可使药物的转运系统缺损而减少药物的摄取量。
4、主动外排
易化超家族，与哺乳动物的葡萄糖异化转运器具有同源性；
耐药结节分化家族，包括能够泵出钴、镉离子的转运蛋白；
葡萄球菌多重耐药家族，有比较小的含有4个跨膜螺旋的转运器组成；
ATP组合盒转运器，包括两个跨膜区和两个ATP结合亚单位。