目前我国多数病死鸡只的处理方式仍未达到无害化处理的效果，既没有无害化处理的设备也缺乏意识上的认知，所以在厂区内或周围病死鸡尸体随意被抛弃，养殖户甚至会直接丢弃给狗或猫当食物，还有一些进行浅埋达不到理想的消毒效果，随着空气的流动，在尘埃的携带下病原被输送到环境中的各个角落，并长期居住下来，寻找适宜的机会侵入机体威胁鸡只的健康。
接种冻干疫苗是福也是祸
接种疫苗目的本是为了提高机体对某种疾病的抗病力，是控制传染病发病的重要手段之一，然而在疫苗使用过程中存在随意加大剂量及接种方法不正确、废弃物处理措施不合理等因素，导致疫苗转变成了环境污染的根源。在规模化养殖场中接种疫苗大多选择防疫队进行疫苗接种工作，由于防疫队成员缺乏专业知识，所以在实际操作中只是一味追求速度而忽略了质量，成为传播疾病的重要途径之一。疫苗废弃物的处理方法不当是很普遍的现象，甚至有些规模化养殖场的技术场长对此也认识不足。记得2011年2月份安徽省某规模养殖场，存栏20万只青脚麻鸡，在接种疫苗时我建议将废弃的疫苗进行焚烧，但厂长说焚烧还不如把瓶子卖掉效果好呢，饲养员最终还是将疫苗瓶进行了土埋处理。当时我是亲自看到只有浅浅的一层土将其覆盖，估计连50公分的土层都没有。况且当地的土质都是红土地，不要说是在2月份土质还在封冻状况下，即使在夏季土质松动时也不易挖出一米深的土坑来进行掩埋，所以废弃的疫苗容器也就成了传播疾病的重要传染源之一。
有害气体长期陪伴鸡群
部分鸡舍内有害气体超标，长期生活于恶劣的环境中使饲养者的嗅觉处于麻痹状态，闻不到腥臭的粪便味、感受不到强烈的氨气在刺激着自己的眼结膜。在鸡群10日龄以内由于排泄量少对鸡群的威胁作用并不大，一旦超过10日龄，随着排泄物的增多以及肠道疾病的感染有害气的浓度也开始逐渐加大。
通风效果不良同样也是养鸡业中存在的通病，人们一味地追求利益，而忽略了密度所带来的危害，所以在通风不良、密度过大、管理意识淡薄等双重因素的影响下，使鸡群长期生长在有害气体超标的环境中，脆弱的鸡群不得不面临疾病的威胁。
不明原因的混合感染越来越多
近两年来肉鸡腺胃炎、气囊炎等多病因疾病的发病率越来越高，发病日龄也越来越年轻化，比如说3日龄感染腺胃炎，10日龄感染气囊炎等，已成为肉鸡发病的主流，也是造成经济损失最为严重的疾病之一。虽然已经采取了一定的治疗措施，但是至今这些疾病的病原仍不明确，也没有相应的疫苗来更好的预防此类疾病，饲养者不得不依靠抗生素来进行预防，再一次形或了疾病恶性循环。
