困惑之一法律规定兽用处方药必须凭兽医处方购买，虽然实施多年，但在基层兽医中是如何实施执行呢？
笔者曾经做一个调查，A县兽药经营单位100多家，其中有诊疗资质的仅仅3家，执业兽医从事治疗活动必须在有诊疗资质的单位行医，开处方销售处方药，也就是说A县95%以上的兽药店是在没有诊疗资质的前提下销售处方药的都存在违法嫌疑。一旦发生医疗事故没有诊疗资质的兽药店必需为所出售的处方药承担全责。
困惑之二人药兽用的问题。每个兽医都知道违法，但是一些不值钱常规药品和太多的宠物治疗用药兽药厂是不做的，或者即使做其价格也远远高于人用药（如盐水虽然很多兽药厂做，但发到终端兽药经营单位的价格却远远高于人用盐水，且宠物输液常用的100ml盐水的兽药厂根本不做）。这就造成了基层诊疗机构，尤其宠物医院正常诊疗活动中被迫使用人药，形成了不用人药就没法干的困境。笔者也在此发出呼吁，建议国家是否可以列出部分常规药目录，如盐水等特别规定可以人药兽用。
困惑之三兽药的使用范围如何界定的问题，现在兽药使用说明按药典标准非常规范，一个标点都不会错。如“黄芪多糖粉”只用于预防性治疗鸡法氏囊。但是如果兽医用于治疗家畜疾病是否存在扩大使用范围的违法嫌疑。类似的情况很多，又如“头孢噻呋钠”针剂，说明仅用于鸡，但用在家畜上效果也很好，这样用是否存在违法嫌疑？兽医的灵活使用兽药的权限究竟有多大？
困惑之四饲料添加剂批号五花入门，有微生态的、有中兽药的，有小肽成份的，甚至有“中兽药+微生态+脱霉剂”三合一成份的，更让人困惑的是给猪肌肉注射的“干扰素”也用上了饲料添加剂批号，饲料添加剂似乎无所不能，可以肌注治疗，可以防病，可以不接受兽药监管，真让基层兽医“困惑”无语。
困惑之五诊疗机构治疗过程中客户送来解剖的动物，如果丢弃在诊疗单位，诊疗单位如何无害化处理？是否必须交给无害化处理厂，如果交给无害化处理厂如何收费？这仍然是一个法律盲区。如：辉县市齐鲁动何经营部（诊所）与辉县市利民无害化处理厂签订的无害化处理协议书，诊所须付无害化处理厂每头动物80元的处理费用，是太高还是太低了，是否适用全国诊疗机构？
困惑之六基层兽医如何维权，实际的第三方维权机构在哪里？以辉县市为例，一百多家兽药经营者，每年都有兽医与养殖场或宠物主的纠纷案件，至少上百起，结果大多是兽医赔钱，息事宁人，真正能帮助兽医维权的第三方机构找不到，维权太难。
困惑之七基层兽医奋斗在动物疾病防控一线，随时面临人畜共患病的威胁，国家针对临床执业兽医、乡村兽医，养殖场兽医这些非官员方兽医的福利、补贴政策却没有，那怕是针对基层诊疗机构或兽药店的补贴政策也没有。
困惑之八基层诊疗机构卖药卖疫苗，是否需要兽药GSP和疫苗GSP认证。如：城市宠物诊所、动物医院为宠物犬打疫苗和治疗疾病用药存在销售疫苗和兽药的问题，如果按照疫苗GSP和兽药GSP认证，那么一个诊所或动物医院还需要远远大于诊疗机构几倍的营业面积来通过认证，这对于寸土寸金的城市来说，城市的动物诊疗机构还不如直接关门，现实中城市动物诊疗机构大多没有通过兽药或疫苗的GSP认证，实际上都处在违法销售疫苗或兽药的状态。国家是否可以特别规定城市诊疗机构卖宠物疫苗和兽药是合法的。