鸡群一旦发生法氏囊病，就会因抵抗力下降而成为低产鸡群，因此，重要的工作还是在防止感染上做文章。采取严格的卫生消毒措施，实行全进全出的饲养制度，减少或避免应激反应。由于该病对环境的抵抗力很强，一旦环境被污染，病毒将长期存在。因此，要对环境、鸡笼、用具、地面彻底消毒，尤其是用被法氏囊病毒污染过的场所重复育雏时，进雏鸡之前要消毒。
加强种鸡群的免疫，以提高母源抗体水平，防止雏鸡早期感染。免疫程序的制定应根据当地该病的流行特点、饲养条件、鸡群状况和鸡只母源抗体水平进行考虑，尤其是确定首免日龄。
通过琼脂双向扩散试验，以O.5%的比例采样，收集血清，用标准法氏囊病毒抗原测母源抗体来确定首免日龄。1日龄抗体阳性率如低于80%，可在10～15日龄首免；抗体阳性率如高于80%，在7～10日龄再采血测1次，此时阳性率如低于50%，可于15～21日龄首免，若抗体阳性率高于50%，可于20～24日龄首免。实践中，有的鸡首免后2～5天，尚未进行二免就感染发病，也有的在二免后2～5天感染发病，造成这些现象的原因是复杂的，必须根据具体情况确定发病的原因。
如果雏鸡来源复杂或对种鸡免疫情况不了解，这些雏鸡母源抗体一般偏低或不整齐，加上雏鸡免疫采用饮水方法，很易造成雏鸡群内抗体水平不一，抗感染能力不强，此时可适当提前免疫，最好配用灭活疫苗。可在1日龄时肌肉注射灭活苗O.1mL/只，注射过程中可选用弱毒苗或中等毒力苗，一般情况下，对有母源抗体的雏鸡可用中等毒力苗，对没有母源抗体的或母源抗体水平偏低的鸡群可使用弱毒苗，二免时用中等毒力苗。在严重污染区、该病多发区的雏鸡可直接使用中等毒力苗。
