长期饲喂较多的未经脱毒处理的棉籽饼，可出现慢性中毒。一次性食入过多者，则呈急性中毒，瘤胃急性消化不良。棉籽饼含棉酚，经加热处理，毒素可受到破坏或温水浸泡后，随浸出液从水中丧失。
慢性中毒者食欲减少，消化紊乱，尿频、尿淋漓或尿闭，常继发呼吸道炎症，慢性增生性肝炎和黄疸，犊牛有胃肠卡他及腹泻。单纯饲喂棉籽饼达5～6个月以上的牛，可出现夜盲症，孕牛发生流产。急性中毒者呈现瘤胃急性消化不良，有瘤胃积食等症状。
防治为防止棉籽饼中毒，可采用下列措施，棉籽饼不宜长期大量饲喂，尤其不宜单一饲喂。生棉籽饼每天1.5～2.5公斤，连续喂10～15天，再停喂8～10天，如此交替进行，可不发生中毒。生榨棉籽饼需经加热处理，或粉碎后浸泡并脱水处理，可用15%绿矾浸泡3～4小时去毒。加碱处理，如用2%石灰水，或1%氢氧化钠，或2.5%碳酸氢钠溶液浸泡一夜，然后用清水漂洗，除去碱后应用。如日粮配合适当，胡萝卜素和钙充足，就不易中毒，故在喂棉籽饼的同时宜多喂青绿饲料。犊牛与孕牛对棉籽饼较敏感，以少喂为宜。