农村沼气发酵原料主要有禽畜粪便、人粪尿、作物秸秆、落叶杂草、有机垃圾、有机废渣、废水和农副产品加工的下脚料等农业有机废弃物。
一、富氮原料：主要是人、畜粪便以及易腐生活垃圾，它们的氮元素含量较高。粪便的颗粒较细，作为正常沼气池的原料，不必进行预处理，代谢分解和产气速率较快。在沼气池启动时，可以直接使用羊粪、马粪和牛粪等原料；根据接种物来源、质量和接种量等实际情况，可使用单一的猪粪，最好添加牛粪或马粪、羊粪；不建议大量使用人粪，除非沼气池的主要发酵原料为人粪便，此时一定要提早用人粪便培养好接种物；一定不能使用鸡粪，否则极易造成沼气发酵体系酸化，并且常常不能自动恢复，也很难进行调整。
二、富碳原料：稻草、麦草、玉米秸等农作物秸秆和杂草，它们含碳量高。代谢利用和产气速率较慢。以这类物质为原料时，需要进行预处理，以提高原料的利用率和产气速率。
三、其他原料：水生植物中的水葫芦、水花生、水白菜、水草和藻类等，繁殖速度快、产量高、碳氮比合适，加之组织鲜嫩，容易被沼气发酵细菌利用，也是比较理想的原料。
四、忌入池杂料
1、菜籽饼、棉籽饼、磷酸钙、磷矿粉、钙镁磷肥等含磷有机原料，在绝对厌氧的条件下，会产生磷化氢等剧毒气体，易使人中毒甚至死亡。
2、桃叶、马钱子、皮皂子、百部、元江金光菊、元江黄芩、大蒜等，对沼气发酵有较强的抑制作用，不宜作为发酵原料进入沼气池。
3、喷洒了农药的作物茎叶、刚消过毒的禽畜粪便、各种剧毒农药及各类消毒制剂、电石、洗衣粉、洗衣服水等均不宜入池。
