在水稻生长发育的不同阶段，其需水量是在变化的；稻田水量多，水位保持时间长，对小龙虾的生长是有益的，但对水稻生长却不利。稻田养殖小龙虾，水稻需水和养虾需水是一对主要矛盾。所以，做好水位调节是稻田养殖小龙虾的重要一环。
1、在小龙虾放养初期，田水宜浅，可保持在15厘米左右，随着小龙虾的不断长大和水稻的抽穗、扬花、灌浆，两者均需要大量的水，可将田水逐渐加深到30～35厘米。
2、在水稻有效分蘖期采取浅灌，保证水稻的正常生长。
3、在水稻无效分蘖期，水位可调节至30厘米，既可促进水稻的增产，又可增加小龙虾的活动空间。
4、水稻烤田要轻烤或短烤，烤田时使虾沟内的水位保持在低于大田表面15厘米即可，确保大田中间不陷脚，田边表土不裂缝和发白，以水稻浮根泛白为适度。烤田结束后，立即恢复原水位。