养殖池塘中的水色主要由水体中的单胞藻及浮游动物的品种及数量决定的。养殖池塘理想的水色为嫩绿色、茶褐色和黄绿色。危险水色有酱油色、死黑色、乳白色、黄泥色及水面上有较多的漂浮灰土色丝状物质或难以消散的泡沫等。
1、黄泥色主要由于大量颗粒悬浮，造成透明度降低，藻类难以繁殖所致。泼石灰，或含有绿化铝药物，次日泼洒肥水素即可。
2、水面出现泡沫和灰土色丝状物质，是水体过肥之故，使用芽孢杆菌即可。
3、养殖中后期水体易产生蓝藻，趁被集中吹至下风角落时刻，对蓝藻面泼洒硫酸铜或者红霉素，此法不能一次性除尽，宜多次重复才能减少蓝藻。另外，还可以通过换去上层水的办法降低蓝藻数量。
4、其它不良藻相的水质，宜使用二氧化氯等较强的消毒药物处理，一周后使用单胞藻种培育优良藻相，以稳定水色。
水质如发生变化后，经首次处理后，隔次处理不宜操之过急，宜待养殖品种休整后进行。