肠道屏障功能
胃肠道是具有复杂功能的重要器官，能消化和吸收营养物质。肠上皮作为肠道的重要组成部分，连接内部和外部环境，不仅调控营养物质的吸收，还具有免疫、生理和物理屏障功能。
肠上皮细胞发挥重要的免疫防卫功能，通过分泌粘液进入肠腔，混合、稀释、冲走病原菌和有毒有害物质，紧密连接蛋白连接连续的上皮细胞层，限制穿细胞和细胞间营养分子的通过，是生理屏障的重要组成部分。
由绒毛和隐窝、上皮和内皮细胞组成的上皮层，阻止外界不良因素的刺激和入侵，发挥物理屏障作用，肠道屏障与其它屏障一起共同应对突然出现的应激。
免疫屏障功能
覆盖粘膜层的上皮由粘蛋白组成，是宿主和肠道微生物的初始连接，粘蛋白是抵御微生物的第一道防线，它们广泛地与共生和益生菌联系。粘蛋白是糖蛋白，可分为几类：胶质的、可溶性的以及与膜结合形式的粘蛋白。
许多种类的病原体，首先要与动物肠上皮细胞粘合，然后才能进入循环系统影响体液和电解质的分泌。因此，破坏病原菌在肠道的附植有利于宿主健康。粘蛋白可通过携带阴性电荷的丝状突出结构，发挥选择性屏障功能，保护上皮细胞。
正常情况下，粘蛋白只允许极少量的完整抗原穿过粘膜层，与粘膜免疫系统共同下调炎症，即常言所说的免疫耐受。然而，应激时杯状细胞粘蛋白的合成会发生改变。
生理学屏障
上皮细胞的紧密连接是肠道生理屏障的主要组成部分，由于它们连接上皮和内皮细胞，可发挥类似“栅栏”的防御作用。紧密连接的功能主是，上皮和内皮可通过渗透压，根据大小和电荷，分别发挥限制水、离子、大分子通过细胞间通路的运输。
当应激发生时, 会影响紧密连接的完整性，导致细胞间通路的离子传导性增加 ，即常言“肠漏”。紧密连接的完整性遭到破坏时，为病原菌、内毒素和霉菌毒素进入动物身体、血液循环系统甚至组织器官，创造了便利条件。
物理屏障
雏鸡出壳后，肠道立即发生形态学和生理学变化，肠道表面积迅速增加，有利于对营养物质消化和吸收，这是发挥家禽优良生长潜能的的基础。肠道上皮具有很强的可塑性，如绒毛密度、高度、隐窝深度和上皮更新速率的改变就是应对挑战的反应。隐窝因含有干细胞常被认为是绒毛工厂，因此隐窝较深是上皮更新快，新生组织对营养物质需求高的表现。
然而，有时组织更新即绒毛和隐窝更新也是应对病原菌或其毒素引起炎症的反应，肠绒毛高度下降和隐窝深度增加（或比例降低）导致内源性分泌增加，营养素吸收率减少，家禽抗病力和生产性能下降。
总结
更多的证据显示，应激对小肠屏障功能有很大影响，能增加上皮的通透性。结合上述讨论的屏障功能，肠道保护其本身及宿主应对各种物理和生理应激，当有利于应激发生的条件如明显的临床条件或不明显的亚临床条件存在时，即动物置于各种挑战中时，肠道完整性就会受到威胁。
日常的亚临床挑战出现时，通常不会表现出明显的症状。但动物需要通过消耗营养素，激活免疫系统，来应对亚临床挑战。这部分营养，本来可用于促进生长和提高生产效率，营养素的 10-20% 被消耗在这些方面。因此必须认识到，即使很小的应激也能影响动物生产，维持完整和健康的肠道是提高生产效率的基础。
