一、在目前国内的养殖条件下，消毒防疫与疫苗、化药具有同等重要的地位。
二、忽视疫苗、化药与消毒防疫之间的内在平衡，过分强调疫苗和化药的使用，可能会出现不良后果。
1.过分强调疫苗作用的后果
①疫苗应激反应
疫苗应激反应是指在疫苗接种过程中，机体在产生免疫应答的同时，机体本身也受到一定程度的损伤。此外，疫苗的使用方法不当等也可给机体造成较为严重的应激反应。
②疫苗的散毒
我国是畜牧业大国，畜禽饲养密度大，许多畜禽养殖场的条件很难达到保证生物安全的严格要求。因此，使用疫苗进行免疫接种，已成为防疫的最主要手段。疫苗若使用不当就会对畜禽生产和人类的生命安全造成严重的危害，成为比“常规武器”还难以防范的“生物武器”。
③免疫间隙时期多种病原(如免疫抑制病毒)对机体免疫系统的损伤。
禽类免疫抑制疾病是当前困扰养禽业的一类重要传染病，由于免疫抑制状态的存在，极易并发和继发其他传染病和寄生虫病，例如非典型新城疫、大肠杆菌病、支原体病、球虫病等。
2.过分强调化药作用的后果
①病原耐药性产生
在饲料中添加抗菌剂，实际上等于给畜禽持续低剂量口服用药，动物机体胃肠道长期与药物接触，造成肠道耐药菌不断增多，耐药性也不断增强。
有些细菌是人畜共患病病原菌，一旦在动物机体产生了耐药性，此类细菌再感染人时，抗生素治疗效果会大大降低，甚至失败。
②化药的残留
出于食品安全的考虑，每个国家对药残检测标准日益标准化、严格化，这已经成为一种国际发展趋势。例如，日本“肯定列表制度”正是在这一背景下出台的。
③停药后发病引起死亡率上升
微生物的繁殖速度是很快的，停药后，最多只需要3－5天，它们的数量即可恢复到原来的水平。这时它们对化药的耐受能力比以前有了极大提高，原来有效的一些药物效果易减弱或丧失。试验表明：化药使用剂量越大，抗药性的提高就越明显。
三、消毒防疫在增强疫苗和化药的使用效果并减少其负效应方面具有重要作用。
①减轻疫苗应激反应
鸡舍卫生条件和空舍时间的长短与疫苗的应激反应之间存在重要联系：鸡舍消毒不彻底，空舍时间达不到标准要求，病原微生物会大量孳生，可在机体的消化道、呼吸道、生殖道上生长繁殖，潜伏感染。一旦受到应激，特别是免疫活苗后，鸡群就易发生严重的疫苗反应，引发呼吸道炎症、拉稀、产蛋下降、死淘增加等疾病。加强消毒防疫工作不但不会对疫苗免疫产生负面影响，反而可以有效消除疫苗的应激反应，减少免疫后出现的呼吸道症状和死淘增加等问题。
②有效防止疫苗的散毒
通过选用适宜的消毒剂，进行正确的消毒防疫工作，可以有效阻止免疫结束后疫苗毒或野外强毒对未免疫鸡只的侵害。
③辅助疫苗产生良好免疫
疫苗接种前后使用消毒剂，可有效避免免疫间隙带来的损失。疫苗免疫后并不能马上发挥保护作用，需要机体对外来抗原作出免疫应答并产生抗体后才可以发挥作用。合理使用消毒剂可以在免疫空白时期有效保护鸡群的健康，减少多种病原对机体免疫系统的损伤，提高免疫效果。
④有效降低病原的耐药性
通过合理有效地使用消毒剂，可以降低化药的使用频率及使用量，从而减少鸡只病原对化药产生耐药性的可能，提高化药的使用效果，降低使用成本。
⑤降低停药后发病引起的死亡率上升 肉鸡在饲养到35日龄停药后，原先没有表现出的疾病症状逐渐显露，给鸡群造成损失。消毒剂的正确使用可以有效降低鸡舍环境内的病原菌数量，有效保护鸡群健康，减少相关疾病引起的经济损失。
⑥减少化药残留对食品安全的威胁
合理有效地使用消毒剂，可以有效降低动物源性食品中药残的含量，提高食品的安全性，降低出口食品药残超标的风险、产品检测方面的费用支出及缩短通关时间，从而有效降低出口成本，增强产品国际市场竞争力。
四、正确地做好生物安全工作。
1.防重于治。只有认真做好生物安全，才能做到“少得病甚至不得病”，降低养殖成本并将损失降至最低。
2.正确认识疫苗、化药与消毒防疫之间的相互协同作用。
3.改变过去只关心表面成本，不计算使用成本的观念。
4.工作重心由过去的使用化药治疗生病动物，转变到使用疫苗和消毒来保护健康动物。
5.由过去“用化药来控制疾病”的不正确观念，逐渐变为“用消毒、免疫来控制疾病，用化药来治疗疾病”。
