作为种鸡，疾病的净化和检疫工作很重要，尤其是一些垂直传染的疾病（鸡白痢、白血病、支原体等），种鸡一生中最少要进行2~3次鸡白痢的检疫和2次白血病的检疫。鸡白痢的第一次检疫可以在育成期，大约16周左右，第二次在留种蛋前进行，如果有条件的在上笼后的两周内再进行一次。白血病的第一次检疫在上笼前进行，第二次在留种前进行。
鸡白痢的检测方法是血清凝集法，具体做法是在一块玻璃上滴一滴鸡白痢抗原，从鸡翅膀的血管中采血并将血涂抹在抗原上，使抗原与血充分混合，2分钟后判定结果，若出现有蓝色颗粒则判为阳性，否则为阴性。
白血病的检测方法有琼扩法和依来萨等法。
种鸡场更新用的种蛋，必须来自检疫为阴性的种鸡群，受污染的种鸡场应结合孵化、育雏、育成的隔离、消毒、检疫制度，逐步消灭经蛋传播的疾病，种鸡要逐只检疫，淘汰阳性鸡，以最大限度地减少种鸡群中的带菌带毒鸡。
