鸡球虫病是现代集约化养鸡业中最为常见、多发和危害极大的肠道寄生虫原虫病，其防治困难，发病率为50%~70%，死亡率严重时高达80%，给养鸡业造成了极大的经济损失。
1、控制传染源
首先对病鸡隔离治疗，防止病原体向周围扩散。
2、切断传播途径
球虫病主要通过粪便污染场地、饲料、饮水及其用具，因此要做好鸡场的环境卫生。球虫卵囊伴随粪便排泄后，在适宜的湿度和温度条件下，经约1~2天发育成感染性卵囊。故鸡场中的鸡粪如果每天清除一次，可以大大降低发病率，饲养场(包括用具)要经常消毒。可用沸水、热蒸汽或3%~5%热碱水等处理。粪便应堆积发酵处理，死鸡应深埋。
3、药物治疗
长时间、低浓度、单一的使用某一种抗球虫药，球虫对该药易产生耐药性，使药物防治效果下降。因此，要通过适当的用药方法延缓耐药性的产生，增加药物的使用寿命。
4、药物现状
目前生产中应用的抗球虫药有20多种，大致分为二类：第一类为离子载体抗生素，如真能霉菌，马杜霉菌，盐霉素等。第二类为化学合成药物，如氯苯胍、地克珠利，另外，中药抗球虫剂也有，如常山酮。但抗球药存在很大的缺陷，球虫对球虫药容易产生耐药性，加之药物残留问题越来越引起人们的关注。
5、早期连续用药
从雏鸡10~15日龄起，饲料中连续不断添加一定量的某种球虫药，可以抑制球虫卵囊的形成。
