灭活疫苗，是将一些病毒或细菌等病原，采用一定的物理或化学手段，使病原失去感染动物机体的能力，但保留其免疫原性，再加入一些特定的佐剂制成的。
一、是灭活疫苗本身存在的问题
1、抗原含量不够；灭活疫苗抗原含量的高低有时会影响疫苗的效果。
2、佐剂优劣不同，也会影响疫苗的效果。
灭活疫苗在生产过程中一般都会加上一些佐剂，目的主要有缓释、增强抗原免疫原性、减少免疫应激等作用，佐剂的好坏直接关系到疫苗抗原产生抗体水平。
3、疫苗在运输、储存和使用过程中，环境不当会造成疫苗效果的改变。
灭活疫苗一般建议储存在2-8℃左右环境，长时间高温或者在低温条件下都会影响疫苗的效果，如果在低温条件下，家禽灭活疫苗（油乳剂）会产生冻结，解冻后疫苗油水分层，这个时候疫苗已经失效，不能持续刺激机体产生抗体，效果减弱。
二、在实际免疫操作中，影响疫苗免疫效果的因素：
1、动物机体状况好坏直接关系到疫苗免疫效果
疫苗接种到动物上，需要抗原刺激动物本身的免疫器官，产生一系列免疫反应，从而最终产生抗体，但动物机体如果本身存在一些疾病或者免疫功能障碍，如免疫抑制病时，疫苗接种后，动物机体免疫应答能力弱甚至产生不了免疫应答，这时接种的疫苗很多情况下效果不明显或者无效。
2、接种途径也会对疫苗效果造成很大影响。
一般灭活疫苗大多靠注射接种，采用皮下或肌肉注射，不同部位注射，产生的效果也有差异。因此疫苗接种需按疫苗规定的接种途径接种免疫。
3、接种操作方式对疫苗效果造成影响
家禽用油苗静置时间过久的话会出现疫苗中抗原不均匀现象，因此需在注射过程中经常摇晃疫苗，使抗原混合均匀，如果不摇晃有可能接种到每个动物个体抗原量不同，造成疫苗效果不好，均匀度差的现象。
4、接种前后饲养管理对疫苗效果影响很大。
饲养管理好坏，对灭活疫苗效果的影响非常大，动物生活的环境是否舒适会对动物机体产生直接的影响，只有好的环境，动物机体健康，免疫器官才能最大限度地发挥作用，反之则免疫器官受损，免疫功能受到影响，直接影响免疫效果。
