自从肠道微生物菌群的良好平衡对健康和生产性能的重要性被认识以来，饲料配方均倾向于通过营养的摄入来调节肠胃微生物的环境。数量庞大、种类繁多的细菌附着在动物胃肠道壁上，大多数细菌与宿主形成共生关系。人们对胃肠道微生物群在健康和患病方面重要性的认识程度越来越高。营养是影响肠道微生物分解和代谢活动最重要因素。
饲喂不当、日粮构成的改变、低质量的饲料原料和饲料卫生不合格都会使微生物菌群发生变化。制定配方时，应当以微生物菌群易于达到生态平衡为目标，这样，宿主和菌群可维持共生关系，互惠互利。
一益生菌促进肠道生态平衡
肠道微生物的平衡对动物健康和生产性能的发挥意义重大。饲料配方可通过营养调控的方法对肠道微生物加以控制。值得一提的是，抗生素的使用是调控肠道微生物菌群的有效途径，可使动物达成或重新建立生态平衡。
食用益生菌可起到抑制有害微生物的作用，促进有益微生物的生长，最终达到肠道生态平衡，改善胃肠道健康。这也有助于营养的消化和吸收，是保持良好生产性能的必要条件。除营养吸收外，肠道作为机体最大的免疫器官承担着机体免疫的重要功能，是防御体系不可或缺的组成部分，是抵御病原体入侵的重要屏障。
二益生茵作用新机制
科学界看待益生菌作用机制的方式正在发生改变。自益生菌的商业价值被认可以来，人们就期望通过益生菌繁殖的方式得到代谢产物，并将其定植于肠道上皮。近10年来，科研工作者正用新技术向益生菌作用机制的传统模式发起挑战。到目前为止，许多有力的例证可以证实益生菌的灭菌功效可通过指纹技术(分子结构)来实现，而不再取决于其在生物体或肠道表皮的定植功能。为了避免益生菌在饲料加工或抗生素治疗时失去活性，不依赖活菌的机制已经研发成功，且稳定性较好，只要益生菌内部的分子结构未发生改变，便可发挥功能(见表1)。
常规使用的益生菌主要是产生乳酸的菌株，如肠球菌、小球菌、乳酸菌、双歧杆菌等禽类肠道常见种类。研究证实它们对生产性能、病原体抑制、肠道微生物和免疫系统调节均有益处，尤其在生产环节紧要关头，如在肠道微生物群落尚未建立或其他益生菌产生干扰等阶段。
三益生菌保护出雏鸡
通常散养情况下，幼龄动物可从成年动物和环境中及时接触到微生物菌群。但在现代化畜禽生产中，情况已有所不同。孵化雏鸡的卫生条件极佳，并且不与父母代鸡接触，雏鸡在清洁和消毒后被转移到禽舍中。所以，微生物群落的生态平衡很难建立。在此期间，对于病原微生物的定植没有提供任何防护。
对于雏鸡来说，应尽快、尽早建立起保护性的微生物群落，益生菌的使用可以实现这一目标。喷洒益生菌产品到孵化器中，或通过饮水饲喂刚出雏的雏鸡。益生菌产品为鸡肠道提供了有益微生物定植的条件。
四益生菌与抗生素疗法
抗生素是杀灭有害病原体的有效工具，但抗生素对有益微生物也存在广谱杀灭作用。抗生素一经使用，有益微生物必须重新f央速繁殖以防范病原菌先发制人的风险。此外，抗生素可以杀灭病原菌，但消炎效果不理想。很多例证表明，当病原体入侵时，免疫系统的过激反应比病原菌产生的损伤更为严重。
益生菌可起到调节免疫系统的作用。即便是在抗生素治疗阶段，肠黏膜上并发的炎症仍十分常见。肠道的炎症会加速肠内物质移动的速度。结果使粪便内水分、气体堆积，未消化的饲料块、因肠道炎症造成的脱落的碎片组织等过量。
益生菌可以用来抵抗疾病的副作用，这一点是抗生素无法做到的。抗生素的有效使用剂量以能够杀灭病原菌为宜，但肠道炎症的治疗常常被忽视。即使是失活的益生菌都可以对炎症产生抑制作用，它们通过细胞结构及特有的DNA分子和受体发挥作用。每种益生菌菌株都是独一无二的。
五益生茵与坏死性肠炎
坏死性肠炎是常见的家禽疾病之一，每年都造成较大的经济损失，一旦发病，致死率高达50％。美国农业部的科研小组开展了混合使用多品种益生菌控制与产气荚膜梭菌相关家禽疾病的研究。结果表明，益生菌能够对坏死性肠炎和坏疽性皮炎起到控制作用。
益生菌产品可以成为家禽业生产管理的工具，它可以调节胃肠道微生物菌群的构成，进而促进肠道健康，保护鸡群免受病原菌的侵害，减少相应的经济损失。
