(一)根据病原分类
可以分为由生物及非生物引起的两大类。水产动物疾病中常见的种类如下。
1.由生物引起的疾病
(1)由生物侵入水产动物机体引起的疾病，这包括由病毒、细菌、真菌、原虫、蠕虫、甲壳动物、钩介幼虫等引起的疾病。
(2)由非寄生性生物引起的疾病，如由水生生物引起的中毒及敌害生物等。
2.由非生物引起的疾病
(1)机械损伤。
(2)物理性刺激，如感冒、冻伤和放射性损伤等。
(3)化学性刺激，如工业污水、农药及鱼池内产生的有害物质、气泡病等。
(4)缺乏机体所必需的物质或条件，如窒息、饥饿及营养不良病等。
(二)根据感染的情况分类
1.单纯感染 疾病由1种病原侵袭所引起。
2.混合感染 同时有2种或2种以上的病原侵袭。
3.原发性感染 疾病发生在病原侵袭健康者。
4.继发性感染 此种感染为发生在原发性感染基础上的，即病原侵入在原已是病体的机体上者，如肤霉病必须在原已受伤的机体上发生。
5.再感染 被同一种病原第二次侵袭后又患病者，即机体在第一次患病痊愈后，未失去对该病原的易感性，因此当第二次被侵袭时又患同样的疾病。水产动物的疾病目前知道的都属于这一类，所以疾病治愈后仍应继续做好预防工作。
(三)根据症状分类
1.局部性疾病 病理变化主要局限于机体的某一部分者。如赤皮病、细菌性肠炎病、细菌性烂鳃病、隐鞭虫病等。
2.全身性疾病 为该病影响到整个机体者。在水产动物疾病中常见的有中毒、饥饿、营养不良、败血症等。
事实上，这两者是相对的，任何一种疾病没有严格的局部性，整个机体总是这样或那样地对它起反应的；而且大多数疾病开始时都往往表现为局部性，随着疾病的发展，全身性的症状就愈益明显。
(四)根据病程的性质分类
1.急性型 病程迅速，机能调节很快由生理性的变为病理性的，当有些症状还来不及表现出来时，机体即死亡。如急性鳃霉病，鳃急性发炎，经1-3昼夜病鱼即死。
2.亚急性型 病程稍长，因之该病的典型症状来得及发展起来。如亚急性鳃霉病的主要症状为鳃坏死崩解，并呈大理石化。
3.慢性型 病程较上述两型为长，其特征为持久而无力，因为引起这种病的原因和条件作用长期而不剧烈，且不易消除。如慢性鳃霉病的病变很微弱，仅小部分鳃坏死、苍白。
将病程划分为以上三型，主要是为了学习及工作上的便利，事实上，在—亡述三型之间并无严格的界限，因为在它们之间还存在有过渡型，且当条件改变时可互相转换。