日粮在禽畜养殖过程中占据很大比重，养殖户们要对日粮及其配伍问题做到心中有数，才能减少不必要的麻烦。
1、与抗生素的配伍
抗生素不能与益生素混合使用，但随着科学技术的进步和畜牧业的发展，现在大多数人认为二者可以在一定程度上联合使用，即先用抗生素处理肠道，杀灭有害微生物，再添加益生素补充肠道有益微生物的数量。如果肠道内包含高浓度的病原微生物时，或者益生菌不能取代病原微生物时，益生菌或许就不能发挥功效，需要抗生素来对付病原微生物，这是益生素和抗生素能够配伍使用的理由之一。
抗生素与益生素配伍使用，其意义有二：一是通过添加益生素减少或避免抗生素的某些副作用；二是抗生素作为一种较成熟的饲料添加剂目前在各类饲料中已普遍应用，并能显著地提高动物的生产性能，因而在短期内用益生素完全代替抗生素其难度还很大。抗生素对益生素可能有三方面的影响：掩盖益生素的使用效果；破坏有益微生物的活力；杀灭肠道有害菌而对有益菌无影响。
2、与寡糖的配伍
寡糖是碳水化合物分类上的一组物质，由2-10个单糖单位通过糖苷键而连结的小聚合体，介于单体单糖与高度聚合的多糖之间。在体内，寡糖只能被机体有益微生物利用，而不能被有害微生物利用。日粮中添加益生素可以直接增加畜禽肠道内有益菌群的数量，使有益菌群在体内占优势。寡糖和益生素配伍使用能提高有益菌在肠道内的成活率，改善益生菌的稳定性，并促进益生素发挥作用。
目前，已经有寡糖益生素产品出现，其在畜禽体能够抑制大肠杆菌、沙门氏菌的定植、帮助和维持寄主肠道菌群乎衡，建立双歧杆菌的优势种群、保护动物肝脏、促进营养转化、刺激寄主免疫细胞的活性、增强免疫功能。
3、与酶制剂的配伍
饲料中添加酶制剂的目的是提高营养物质的消化率和利用率，特别是对幼龄畜禽。同时，在畜禽受饲料、环境等应激较大时，也是使用益生素的理想时机。酶制剂和益生素配伍在生产中也表现出了较好的使用效果。
益生素和酶制剂配伍使用能改善畜禽生产性能，使用时应注意对适宜配伍的各种酶制剂和益生菌株进行筛选。另外，二者之间配伍使用时应注意适当配比，因为它们在肠道中同时存在，部分益生菌和酶之间会产生复杂的生理生化反应。
4、与酸化剂的配伍
酸化剂是通过降低日粮pH值，使动物肠道pH值降低，提高消化酶的活性，抑制或杀灭有害菌，增殖有益菌，减少营养物质的消耗和抗生长毒素的产生，促进动物生长。因此，日粮中添加酸化剂有利于益生素发挥作用。益生素和酸化剂配伍使用时，二者也会在肠道内发生复杂的生理生化反应，因此，应该寻求合适的添加比例。
5、与中草药的配伍
丁轲等采用分光光度法，测定了贯众、白术、黄芪、山萸肉、陈皮、党参、枳实、神曲、竹茹、栀子、败酱草、麦芽、郁金、淫羊藿、甘草等15种中草药与乳酸杆菌的相互作用，结果表明，以上15种中草药都能在不同程度上促进乳酸杆菌的增殖，所以这些中草药具有乳酸杆菌协同剂的功能。
益生素所用菌种很多，而中草药种类也非常庞大，因此，筛选能够配伍使用的益生素菌种和中草药品种，使二者协同应用于畜牧养殖中，有着积极的现实意义。
6、与肽的配伍
当添加外源氨基酸不能满足畜禽生产需要时，可考虑在日粮中添加肽，尤其是小肽能完整地被机体吸收。故而在饲料中添加肽制剂，这是从氨基酸平衡角度来考虑的。
益生素和抗生素、寡糖、酸化剂、中草药、肽等饲料添加剂配伍有着相当好的使用效果。在使用过程中，一方面应注意对益生素菌株和抗生素、寡糖、酸化剂、中草药、肽等的种类进行筛选，使之能协同发挥作用；另一方面，应注意配伍双方适宜比例的确定，使其达到最佳的配伍使用效果。