牛舍和环境消毒首先要进行彻底的清扫和清洗，对洪水淹过的牛场、牛舍要清除淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物。按照由远及近、从上至下、由里到外的顺序逐一清扫和清洗，全方位不留死角。经过认真彻底清扫和清洗，不但可以清除大部分病原体，还可以大大减少粪便、垃圾等有机物的数量，有利于化学消毒剂发挥作用。彻底清扫清洗后即可进行化学消毒，一般要求使用2～3种不同作用类型的消毒药，进行2～3次消毒。
第一次消毒可用碱性消毒药，如2%～3%的火碱或10%～20%的石灰乳，用来粉刷地面、天棚、墙壁等，用2%火碱水溶液还可用于喷洒消毒。
第二次消毒可用酚类（菌毒敌）或氧化剂（过氧乙酸）进行喷雾消毒。第三次用甲醛熏蒸消毒。应事先计算好消毒舍的容积，每立方米用甲醛42毫升、高锰酸钾21克，关闭牛舍门窗及通气孔，舍内温度应在20℃左右，相对湿度70%以上，一般消毒24小时，而后打开门窗通风即可。
道路及运动场消毒可用10%～20%漂白粉混悬液或干粉撒布，也可用1：200倍的复合酚喷洒。潮湿地面、粪池、粪堆及污水沟可撒布生石灰，干处撒生灰不起消毒作用，因生石灰遇水生成氢氧化钙，即熟石灰，解离出氢氧离子产生消毒作用。石灰乳应现用现配，配好后宜当天用完。