肠道病菌是猪、鸡、鸭等动物腹泻的罪魁祸首，减少动物腹泻，补充乳酸菌等微生态饲料添加剂抑制肠道病菌的生长是关键。
肠道病菌中最具代表性的是大肠杆菌和金黄色葡萄球菌。
大肠杆菌，是肠道中数量最多的固有菌群，在益生菌数量正常的情况下，对动物机体并不致病。但当天气变 化、饲料改变、疫苗注射、转栏，甚至高密度养殖等各种应激存在时，肠道内有益菌数量极易减少。失去益生菌的屏障保护，肠道通透性增加，大肠杆菌就会攻击肠 道并随着其他有害菌进入血液，变成致病菌破坏机体健康，致使动物发生腹泻等疾病。
金黄色葡萄球菌的致病性危害极大，当肠道内有益菌减少时，免疫系统防备松懈，金黄色葡萄球菌就会大量繁殖，杀灭其他菌群并分泌大量毒素进入血液四处攻击机体细胞，使动物免疫系统破坏，从而导致腹泻等其他疾病。
