畜牧系统工程的实践证明，研究解决复杂的畜牧工程问题应遵循六项基本原则，即输出无害原则，整体最优原则，结构第一原则，组装配套原则，起点非零原则和实践为上原则。离开这些指导原则，往往会导致畜牧系统工程运用的失败。
一、输入无害原则由于系统和环境的密切关系，它们彼此相互影响和相互制约。畜牧系统类似“转化器”，不断地将环境输入的物质、能量、信息，经过系统内部的转化，在建造和完善系统本身的同时，也不断向环境输出物质、能量和信息。在输出过程中要注意有害输出.如共废、污染等。
二、整体最优原则整体性原则是畜牧系统工程的核心。在考察和评价畜牧系统功能时，要把整体性原则放在首位，局部最优不等于整体最优。有时为了整体最优，宁可放弃局部最优。强调整体最优，并不意味着可以忽视局部最优，而是强调在整体最优的控制下，逐步协调实现局部优化的间题。
三、结构第一原则结构决定功能，是系统工程基本原理之一。所谓结构是指系统内部各子系统之间，各元素之间在空问或时间上的组织形式以及它们相互之间的关系。而系统功能则体现一了系统与外部环境之间在物质、能量，信息的输入与输出的方面的交换关系。结构与功能的关系是对立统一的，它们既相互依存，又具有相互独立性。在畜牧系统工程中，研究评价和解决任何系统问题时，第一位应该考虑系统的结构问题。也就是说，首先从结构问题入手，来解决畜牧系统问题。
四、组装配套原则组装配套原则是指在畜牧系统工程的开发活动中，要充分利用国内外一切现成的单项先进科技成果，在满足目标要求和结合客观实际的前提下，从中选优，合理组装、配套。
五、起点非零原则所谓起点非零原则是指：一切现实畜牧系统都不是从零开始的。在设计、评价畜牧系统时一是要注意畜牧系统的历史发展过程；二是在设计和改造畜牧系统时，不能进行理想化的假设和完全照搬外地成功模式。因为任何一个农业系统包括畜牧系统在内，都是几千年来在自然环境、社会环境、经济环境、政治环境、文化环境的作用下演变和发展形成的客观系统。这就要求人们必须面对客观现实，因地制宜，扬长避短，有的放矢地处理畜牧系统问题。
六、实践为主原则畜牧系统实践为主的原则包含两个方面的内容，一为问题导向原则，根据问题确定研究方法，而不是用固定的方法去套问题，二为不可代替原则，即不能用系统模型的优化解代替实施结果。就是要从实际出发，用实践结果来检验畜牧系统的活动。在实践中，遇到问题时，先不要急于寻找解决问题的方法，而是力求全面正确地认识问题，然后再充分利用自己的知识和经验看是否有现成的方法，如果没有，则要想办法创造适合面临问题的新方法去解决问题。这就是问题导向原则。另一方面，有时存在一种急于求成的现象，在处理复杂的农业系统问题时，常常以建立的优化模型和计算的优化结果为依据，发表论文，鉴定成果，好像问题就此解决了，但常常会出现优化模型和计算机模拟结果与系统的实施运行结果差距很大，二者是不可完全代替的，这就是不可代替原则。
