美国乔治亚大学的研究人员找到了常用的鸡支气管炎病毒疫苗的效力有时不尽如人意的原因所在。
鸡传染性支气管炎病毒表面长有尖刺，这些尖刺可以让病毒附着在鸡的呼吸道细胞之上。
病毒的尖刺是由S1和S2两种蛋白质组成的。S1是一种能被鸡的免疫系统识别的原蛋白，免疫系统对这种蛋白产生免疫应答。S1中氨基酸序列的微小变化会使病毒尖刺附着到鸡细胞的方式和鸡免疫系统识别病毒的方式发生很大变化。
但众所周知的是，S1蛋白的构成容易发生改变，这会让疫苗在不能与病毒匹配的时候不再那么有效。
阿肯色（Ark）活疫苗含有一个病毒分离株叫作ArkDPI。研究结果显示，这种疫苗含有S1蛋白氨基酸序列会变化的病毒亚群，会导致来自病毒野毒株的保护降低。
Brian Jordan博士和Mark Jackwood博士对ArkDPI疫苗的病毒亚群中最为常见的S1蛋白氨基酸序列的变化所产生的影响进行了研究。
其中的一个变化增强了病毒附着到呼吸道细胞上的能力，而另外的一种变化则降低了这种能力，但是增强了病毒附着到鸡胚细胞上的能力。产生第二种变化的病毒也没有有效引起对抗IBV野毒株挑战的抗体的形成。
由于疫苗是在鸡的胚胎中形成的，因此这些特点会导致疫苗亚菌群中产生第二种氨基酸变化的病毒量增加，从而降低了疫苗的有效性。
美国禽蛋协会和禽蛋协会基金会的报告称，该研究发现为研发更加优良的疫苗奠定了基础，表明了疫苗中些微的变化对鸡只保护的重要性。