鸡舍内部通风不良，氨气过高加上饲养密度过大等原因都给法氏囊病的发生提供了条件，另外，疫苗饮水前停水时间成为免疫后发病的最重要因素。这个季节温度较高，禽类饮水量增大，疫苗饮水前停水1～2小时就足以给家禽造成渴欲，如果停水时间太长造成机体脱水，就对家禽造成很大的应激，饮用疫苗后，健壮的鸡只喝水较多很容易导致发病，而一些弱雏由于应激较大也有可能发病，这就是为什么长时间停水后疫苗饮水常常导致许多体形健壮的肉鸡和弱雏发病的原因。
肠炎、球虫等病的存在也导致此病的发生，肠炎、球虫病的存在势必会导致肠道炎症、糜烂、出血等，粘膜破损、崩解、脱落，肠壁变薄，消化道天然防护屏障消失，机体对疾病的抵抗力降低，病鸡极易被大肠杆菌、传染性法氏囊等能通过消化道感染的病原所侵袭。家禽发生肠炎后，通过饮水免疫法氏囊活毒疫苗，常常导致发生传染性法氏囊病，还有的可以增加肠炎的症状。
还有实践证实，整齐度差、弱雏多的鸡群免疫后也常常发病。但是发病多局限于弱雏，而健康雏鸡一般不发病，所以发病率也因鸡群不同而异，弱雏多发病率就高，但是弱雏一旦发病，死亡率较高，并且也常常继发其它疾病。现在多数疫苗为中毒偏强的，本身对机体的刺激就很大，如使用劣质疫苗或免疫剂量过大必然会导致机体发病。
