二重感染，亦称菌群失调症。在正常情况下，人们处于一个庞大的微生物生存的环境中，人体的皮肤黏膜和与外界相通的腔道，如口腔、鼻、咽、肠道、泌尿生殖道等处，都寄生着大量的细菌，这些数量繁多的细菌，与人体既相互依存又相互制约，对人体不但无害，反而有益。其中肠道的正常菌群，在食物的消化吸收过程中起着重要的促进作用，而且，肠道正常的菌群还对危害人体健康的致病菌有着强大的抑制作用，可以有效地抑制它们的生长繁殖，这对人体来说是非常重要的，在医学上称为生态平衡。抗菌药物特别是广谱抗菌药物的应用，往往使体内的敏感菌受到抑制，而使耐药菌乘机在体内繁殖生长，导致二重感染。也就是说，本来用抗菌药物想杀灭致病菌，结果反遭至更严重的细菌感染，其中，耐苯唑西林的金黄色葡萄球菌（MRSA）、耐万古霉素的肠球菌（VRE）、产超广谱beta－内酰胺酶（ESBLs）和ApmC酶的革兰阴性杆菌、念珠菌、曲霉菌是二重感染的主要病原。由MRSA所致的二重感染，包括肺炎、心内膜炎、脉管炎、烧伤、术后伤口感染等。
