大量的畜禽排泄物如果不合理的做处理，会对周边的环境造成严重的污染。为了从根本上解决畜禽排泄物对环境的污染，特提以下几点建议。
1加大政策扶持力度
由于养殖企业均建在较为偏辟地带，收集粪便运输成本较大，政府应对有机肥加工企业给予适当的经费补贴，以鼓励他们多收集、扩大生产规模。同时要加大对使用有机肥的农户和企业给予补贴。这样一方面可大大减少化学肥料使用量，从而减少面源污染，另一方面可大大提升农产品的品质。
2加大农牧结合的推广力度
按照1亩土地年消耗家畜粪便不超过猪5头，肉鸡200只，蛋鸡50只的规模量。农产品效益的提升在于提高农产品的品质，要充分利用好畜禽粪便这一资源优势，加大有机农业、绿色农业和生态农业的发展力度，打响品牌，提升农业整体效益。
3建立病死畜禽收集和集中无害化处理制度
随着畜禽养殖量的增加，若按2％～3％的死亡率估算，全年需处理的病死畜禽数量十分可观，如随意丢弃，不仅会带来大量的细菌和病毒污染。存在较大的卫生安全隐患，同时也会污染周边环境，如今由于没有可行的无害化处理场所和制度，处理矛盾多、难度也大，单靠乡镇兽医人员工作很难及时妥善有效解决，应建立相应的病死畜禽收集和集中无害化处置制度。
4建立沼液处理合作社
由于沼液是畜禽粪便经过高温发酵而形成的，因而它是优质的优质肥料，花卉苗木、茶叶、蔬菜及优质稻米生产基地均需要大量的有机肥源，对此，农林部门可拓宽现有沼气协会的服务功能，配备适量的槽罐运输车，可将沼液源源不断运往集中连片的种植区，对所需经费，可采取政府补一点、养殖企业收一点、种植业企业收一点的方法予以解决。这样将一方面解决了沼液无处使用难以排放的压力，另一方面又为种植业提供了大量优质的有机肥源，一举多得。
5完善法律法规
对现有的《畜禽养殖污染防治意见》应加以完善，对发展畜禽养殖要设定相应的门槛，并建立较为规范的审批制度，制定必要的建设标准，对新发展养殖户要签订粪便治理责任状。对违规违法行为要有明确的罚则，使畜牧业的发展纳入规范化、制度化、法制化牟力道。
