污染是指原材料或成品被微生物或外来物质所污染。按照污染的情况一般可分为三个方面，一是微生物引起的污染；二是由原料或产品被生产中另外的物料或产品混入引起的污染，如生产设备中的残留物，操作人员的服装引入或散发的尘埃、气体、雾状物等；三是除前述两种污染以外，由其他物质或异物对药品造成污染。
混淆指一种或一种以上的其他原料或成品与已标明产品名等的原辅料或成品相混，通俗的说法，称为“混药”。如原辅料与原辅料、成品与成品、标签与标签、有标志的与未标志的、已灭菌与未灭菌的混淆等。
造成污染和混淆的原因
1 ．产生污染的原因 通常有以下几个方面：
(1) 原辅料：购进的原辅料本身质量不好，或在运输、贮存、检验取样、造成污染。
(2) 内包装材料：用于生产的直接接触药品的内包装材料在使用前消毒不彻底或消毒后存放条件不符合标准，或放置时间过长等造成污染。
(3) 设备与容器：表面不光洁、平整，材质不稳定，选型与生产不配套，维修、保养不及时，生产结束后不进行清场等造成污染。
(4) 环境影响：生产环境如空气中生物粒子过多，车间地面、墙壁、天花板等不平整、易脱落、长霉、消毒不严格等造成污染。
(5) 人员：操作人员患有传染病、皮肤病等，未按要求穿戴工作服，未按工艺规程和 SOP 要求操作。
(6) 生产过程：生产中敞口生产，密闭不严，管道中有死角，生产周期过长，操作不当等造成污染。
2 ．产生混淆的原因 也是多方面的，但主要有以下几种：
(1) 厂房：生产区域过于狭小，同一区域有不同规格、品种、批号的产品同时生产；物流不合理，生产线交叉；非生产人员进入等造成无意或有意的混淆。
(2) 设备：生产中使用的设备、容器无状态标志，清场不彻底等造成混淆。
(3) 材料：原辅料、包装材料、半成品、中间体等无明显标志，放置混乱，散装或放在易破损的包装中，印刷性包装材料管理不善等。
(4) 人员：生产人员未经培训上岗，工作责任心不强，压力过大，操作中随意性大等原因造成。
(5) 制度：管理制度不健全，或执行不力，无复核、统计、监督、发现问题未及时查找原因等，特别是配料、包装等重要部门，管理不严格造成。
采取的措施
生产过程中产生污染和混淆的可能随时存在，必须在全过程各个环节都加强管理和监控。除了对生产中的原材料、设备、生产方法、生产环境、人员操作等五大引起污染和混淆的因素进行控制外，还应采取相应的措施。
1 、生产前应该认真检查、核对生产指令、物料，应确认生产环境无上批生产的遗留物，确认设备、容器等已洁净或已灭菌，生产结束已做好清场工作。
2 、工艺布局合理，生产流程应顺向布置，防止交叉污染，缩短生产区与原料、成品存放区的距离，控制生产过程的时间，减少可能存在的微生物的污染。
3 、严格按工艺规程的要求，在规定洁净的生产场所生产，采取防止尘埃的产生和扩散的措施，控制洁净室人员，定期监测生产环境的洁净状况。
4 、生产区域专一，不同品种、规格的生产操作包括不同批号的操作不能在同一生产操作间同时进行，有数条包装线同时进行包装时，应有一定的间隔距离，并采取适当的有效的隔离措施。
5 、生产过程中应防止物料及产品所产生的气体、蒸汽、喷雾或生物体引起的交叉污染，应安装排风等相应的设备防止粉尘飞扬。
6 、状态标志明确：
（ 1 ）生产状态标志应标明正在生产的情况，内容包括正在生产的品名、规格、批号等。
（ 2 ）生产设备状态标志应标明正在加工何种物料，停运设备应标明其性能状况，能用与否、待修或维修，对已损坏报废的设施，应从生产线上搬出。
（ 3 ）容器状态标志应标明内容物的情况，如品名、规格、批号、状态（半成品、中间体、回收料等）。
（ 4 ）卫生状态标志应标明生产线、设备、容器等卫生状况，如已清洁、已消毒、已清场等。
7 、生产过程中必须按工艺要求、控制要点进行中间检查，填写生产记录和检查记录，并归入批生产记录中。
8 、检选后药材的洗涤应使用流动水，用过的水不宜再用于其他的药材的洗涤。不同药性的药材不得在一起洗涤，洗涤的药材及切制的饮片和炮制品不得露天干燥、着地堆放。
9 、为防止药材被微生物污染，可采用对药材灭菌的方法来控制。药材及中间产品的灭菌方法以不改变药材的药效、质量为原则。目前较多采用的灭菌方法有：微波、γ - 射线照射、环氧乙烷蒸气熏蒸等。
