细菌产生耐药的机理主要有以下几种。
⑴产生酶使药物失活，主要有水解酶和钝化酶，水解酶能够使青霉素或头孢菌素的 β- 内酰胺环断裂从而使药物失活，钝化酶可使氨基糖苷类的氨基及氯霉素的羟基乙酰化而失效 ( 如乙酰转移酶 )，或是作用于羟基使其磷酸化和腺酰化，从而失去抗菌活性 (如磷酸转移酶和核苷转移酶 );
⑵改变膜的通透性，耐药菌在其所带质粒的诱导下会产生三种新的蛋白，阻塞了外膜的亲水性通道，致使药物不能进入而形成耐药，如一些革兰氏阴性菌对四环素类及氨基糖苷类药物产生的耐药;
⑶改变靶蛋白的结构，增加靶蛋白的数量，以生成耐药靶蛋白，使药物与细菌不能结合或是降低药物的结合能力从而产生耐药;⑷改变代谢途径，耐磺胺药的细菌自身可产生对氨基苯甲酸竞争二氢喋酸合成酶，从而降低抑菌作用;⑸流出作用，耐大环内酯类的细菌可借助外排蛋白系统将药物从菌体内排出。
临床上最常见的耐药性是平行地从另一种耐药菌转移而来，即通过质粒介导的耐药性。耐药质粒在微生物间可以通过转化、转导、接合和易位四种方式进行转移。转化，即通过耐药菌溶解释放出耐药基因，被敏感菌获取，耐药基因与敏感菌中的同种基因重新组合，从而使敏感菌成为耐药菌，这种方式多见于革兰氏阳性菌及嗜血杆菌。转导，即通过噬菌体将耐药基因转移给敏感菌，是金黄色葡萄球菌耐药性转移的唯一方式。接合，即耐药菌通过与敏感菌菌体的直接接触将耐药因子转移给敏感菌，主要发生于肠道菌。易位，即耐药基因可从一个质粒转到另一个质粒，再从质粒转到染色体或从染色体转到噬菌体等，这种方式常在不同属和种的细菌中进行，甚至可以从革兰氏阳性菌转座到革兰氏阴性菌，扩大了细菌耐药性传播的宿主范围，使耐药因子增多，从而造成多重耐药性。
细菌耐药是大家共同关注的事情。一旦产生耐药细菌，耐药基因的转移将会是连续的。猪场应该有节制、有规律地使用中药和抗生素，这有利于规模猪场控制细菌病。
